2020/10/26現在の情報です。

表題の件、公式の回避方法が公開されました。
Xcode12Workaround.md

Apple Silliconの登場によってarm64アーキテクチャーが実機とシミュレータで重複してしまうことが原因である模様
この回避策を行ったビルドでは（シミュレータ用のarm64アーキテクチャーを削除するため）Apple SilliconのMacでは使えないという制約がある模様
まもなく根本的な対策が行われる模様

どうやら根本的な対策が追って行われるようですが、新しいバージョンでは使い方とか設定方法が変わったりしないんですかね？
私は、今のうちにCocoaPodsに乗り換えるのも一つの選択肢かなと思います。

Firebaseみたいな有名どころのSDKもまだCarthageには正式対応していないですし、無理してCarthageを継続する意味はそんなにないような。。。
（※FirebaseのSwift Package Manager(SPM)対応もBetaなので、SPMは個人的にはちょっと時期尚早感があります…）

ちなみにこの問題の元々のissueはこちらです。
https://github.com/Carthage/Carthage/issues/3019