結論

$ git branch --remotes --merged=origin/develop | grep -v "origin/master" | grep -v "origin/develop" | sed -E 's/ origin\/(.*)/\1/' | xargs -t -I {} git push origin :{}

コマンドの説明

remoteブランチの削除

単純にremoteブランチを削除する方法は以下です。
削除対象ブランチ名：deleteTargetBranch

$ git push origin :deleteTargetBranch
$ git push origin :[削除するブランチ名]

なので、削除したいブランチを一つずつ上記のように指定していけば、力業で消していくことも可能です。

例として、削除したいブランチが以下の3つあって場合

origin/feature1
origin/feature2
origin/feature3

$ git push origin :feature1
$ git push origin :feature2
$ git push origin :feature3

とすればOK

ただこれだと数が増えた時面倒なので、削除したいブランチ名を、入力として受け取ってやればよい。

そこで、まずブランチ（今回だとorigin/develop）にマージされたブランチの一覧を出力します。

$ git branch --remotes --merged=origin/develop
origin/feature1
origin/feature2
origin/feature3

// リモートリポジトリの一覧を表示
$ git branch --remotes

// [対象のブランチ]にマージされたブランチの一覧を表示
$ git branch --remotes --merged=[対象ブランチ]
// おまけ：今いるブランチにマージされたブランチの一覧を表示したい場合は以下
$ git branch --remotes --merged

念のために削除されたら困るブランチを「grep -v」明示的に外しておきます。

$ git branch --remotes --merged=origin/develop | grep -v "origin/master" | grep -v "origin/develop"

// マッチした行は非表示
$ grep -v [文字列]

上で記載した「remoteブランチの削除」にある通り、
remoteブランチを削除する際には[origin/feature1]の[origin/]の部分は不要となります。
なので、sedコマンドを使って、[origin/]を除いてあげます。

$ git branch --remotes --merged=origin/develop | grep -v "origin/master" | grep -v "origin/develop" | sed -E 's/ origin\/(.*)/\1/'
feature1
feature2
feature3

// 拡張正規表現を使うことの宣言
$ sed -E
// origin/hoge を hoge に置換
sed -E 's/ origin\/(.*)/\1/

最後に、出力された削除対象のブランチを引数にとって、削除コマンドに送ってあげる。

$ git branch --remotes --merged=origin/develop | grep -v "origin/master" | grep -v "origin/develop" | sed -E 's/ origin\/(.*)/\1/' | xargs -t -I {} git push origin :{}

// 実行したコマンドを表示
$ xargs -t
// 標準入力から受け取ったものをfugaと置換
$ xargs -I fuga echo fuga
// 以下の場合、標準入力でfeature1という文字列を受け取ったら、
// git push origin :feature1　のように置換され実行されます
xargs -I {} git push origin :{}

という流れになっています。
なので、結論にあるコマンドを日本語訳すると以下のようになります。

origin/develop にマージされたブランチを一覧で表示
その中で、origin/masterとorigin/developを除く
出力されたブランチ名の「origin/」の文字列を削除
出力された（feature1等）を引数にremoteブランチを削除
実際に実行したコマンドを表示する