※自分の経験を元に書いているので、同じ対応がされるとは限らないと思います

Azureは請求書払いもできる

「 MSDN Blogs > Microsoft Azure サポートチームサイト > 請求書払いへの変更申し込みについて」
に説明ある
http://blogs.msdn.com/b/dsazurejp/archive/2013/06/27/azure-invoicing-process.aspx

登録前に

事前に、請求書払いが出来るかどうかの確認も出来る
Windows Azureのポータルで表示される事前購入相談窓口 (ページ上部「セールス」の電話番号) に電話いただき、ご相談下さい
ポータルサイト : http://azure.microsoft.com/

相談前に、利用するmicrosoft アカウントを決めておく必要ある（いきなりきかれる）
Office 365登録していて自社ドメインのアカウントある場合には、それでも大丈夫
※Office 365のメールは使っていなくても大丈夫

事前に相談して始めから請求書払いOKにしてもらっても登録時にはクレジットカード登録が必須。
サブスクリプション購入時に、最初から請求書払いが選べるようになる

登録後にクレジットカードの登録削除は、サポートにお願いするとやってくれる（手作業らしくかなり時間かかる）