原因
UIBarButtonItemのレイアウト設定がautolayoutに対応したのが原因のようです
解決策
let widthConstraint = button.widthAnchor.constraint(equalToConstant: 32)
let heightConstraint = button.heightAnchor.constraint(equalToConstant: 32)
heightConstraint.isActive = true
widthConstraint.isActive = true
このように縦と横の制約を追加すれば解決できました。
引用元
navigation bar rightbaritem image-button bug iOS 11
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