Glideを使うにあたって勉強したことのメモ書き

雰囲気で書いているので，間違いも多いかもしれないです

基本の使い方

ライセンスを使う必要がある．
スクリプトファイルにこのような形で所有するライセンスのある場所とコマンドの場所を取得しておくと実行時に楽

例.sh

...
# 変数に格納
export SCHROD_LICENSE_FILE="[ライセンスキーの場所]"
export SCHRODINGER="[シュレディンガーのライブラリがある場所]"

...
# 実行例
$SCHRODINGER/ligprep -ismi smiles.smi -omae smiles.maegz -WAIT -NJOBS 2 -TMPDIR $TMPDIR

もちろん/.bashrcファイルに直接書き込むでもOK（初回は書き込んだあとsource .bashrcコマンドを実行する必要あり？）

.bashrc

...
SCHROD_LICENSE_FILE="[ライセンスキーの場所]"
SCHRODINGER="[シュレディンガーのライブラリがある場所]"

（追記）
TSUBAME利用の場合，個人のライセンスを使う場合でも，TSUBAMEの無料利用枠のライセンスキーを通しておく必要があるとかないとか．なのでライセンスキーはこのようにしておくと無難かも

SCHROD_LICENSE_FILE="[ライセンスキーの場所]:27010@lice0"

SMILES（`.smi`ファイル）から3Dファイル（`.maegz`ファイル）を作る

例.sh

$SCHRODINGER/ligprep -ismi smiles.smi -omae smiles.maegz -WAIT -NJOBS 2 -TMPDIR $TMPDIR

-ismi smiles.smi
- -ismi：インプットファイルが.smiファイルであることを指定する
- smiles.smiの形式は[SMILES 名前（数字とかでもなんでも良い）]が何行も書いてある感じ
  smiles.smi
```
c1ccccc1 benzene
...
```
-omae smiles.maegz
- -omae：アウトプットファイルが.maegz形式であることを指定する
- ファイル名はsmiles.maegzになる
- おそらくアウトプットの形式は以下のように変更可能じゃないかと踏んでいる
  - -osd：SDF形式
  - -omae：maegz/mae形式
  - -omm：Macro Model形式（？）
-NJOBS 2
- ジョブの並列数が２個であることを指定する
- 使えるライセンス数がこれより少ないとうまくいかない

.sdfファイルと.maegzファイルの変換

maegz->sdfへの変換例.sh

$SCHRODINGER/utilities/sdconvert -imae input.maegz -osd output.sdf

-imaeでインプットファイルが.maegzファイルであることを指定
-osdでアウトプットファイルが.sdfファイルであることを指定
それぞれ，-i+[sd,mae,mm]，-o＋[sd,mae,mm]で変換前後のファイル形式は変えることができそう

ドッキング

例.sh

$SCHRODINGER/glide config.in -OVERWRITE -NJOBS 2 -HOST "localhost:2" -TMPDIR $TMPDIR -ATTACHED -WAIT

config.in

GRIDFILE   [ドッキングに用いるタンパク構造のzipファイルへのパス]
LIGANDFILE   [ドッキングに用いる化合物構造のmaegz（多分sdfでもいい...?）ファイルへのパス]
PRECISION   HTVS 
WRITE_RES_INTERACTION   True
POSES_PER_LIG   1

PRECISION HTVS
- ドッキングモードをHTVSモードに指定している．
- 他にはより遅い代わりに精度が高い？PVモードとかもある
WRITE_RES_INTERACTION True
- 相互作用について計算するかどうかの設定
- 必要なければ多分Falseでもいい？
POSES_PER_LIG 1
- １化合物あたり1つのドッキングポーズを採用する...？

ライセンスの使用状況の確認

$SCHRODINGER/utilities/licutil -available

または

$SCHRODINGER/utilities/licutil -used

1ライセンスあたり30秒にジョブ1個まで（？）みたいな制限があるっぽいので，連投する時は注意