bioinformatics

RNA-Seq解析フロー

本項では公共データベースからのRNA-Seqデータのダウンロード、マッピング、正規化、各種エンリッチメント解析(GO、KEGG、wPGSA)の解析の流れをできるだけ解りやすく説明していきたいと思います。

解析の流れ

1.公共レポジトリSRAからRNA-Seqデータの取得(pfastq-dump)
2.RNA-Seqデータのマッピング
----2-1.STARを使ったマッピング
----2-2.kallistoを使ったマッピング
3.カウントデータの正規化(DESeq2)
4.エンリッチメント解析
----4-1.GO
----4-2.KEGG
----4-3.wPGSA