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parallel-fastq-dump

Last updated at 2017-12-26Posted at 2017-12-26

#parallel-fastq-dump
マルチコアでfastq-dumpを実行できるラッパーです。
本家はpythonですがinutanoさんがbashで実装しています。

pfastq-dumpの実行にはsra-toolsのfastq-dumpとsra-statのパスを通しておく必要があります。

git clone http://github.com/inutano/pfastq-dump
cd pfastq-dump
chmod a+x bin/pfastq-dump

SRA IDを指定してダウンロードからfastq変換までしたい場合は以下のコマンドを打ちます。

pfastq-dump -t 12 -s SRR1781891 -O pfd_test

fastqファイルが生成されているはずです。

例として、SRP052999のデータをいくつかダウンロードしてみます。


for srr_id in SRR1781884 SRR1781885 SRR1781886 SRR1781887 SRR1781888 SRR1781889 SRR1781890 SRR1781891 ; \
do \
pfastq-dump -t 12 -s $srr_id ; \
done