コマンドラインで Evernote のノート作成や編集が行える evernote-editor というツールがあります。
導入は gem install evernote-editor で行うことができます。
ノート編集用のテキストエディタは、デフォルトでは vim になっていますが、CotEditor を使うようにできます。そのためには、テキストエディタを次のように指定します。
'open -W -n -F -a CotEditor'
初回起動時にエディタを聞かれるのでそこで指定するか、.evned ファイルに記載すればよいです。