Symfony2を使い始めたときに、Entityの操作をどこでやるのがいいのか、よく分からなかったのですが、Doctrine2のドキュメントを読んで知った事があります。
orm:generate-repositories
このDoctrineのCommandによって、EntityからRepositoryというクラスを生成してくれます。
またEntityのannotationなどにも、どのEntityで、どのRepositoryを使うのかが、追記されます。
今のところの設計方針
今のところRepositoryには、Entityを操作する処理だけの層として、設計するのが良いと判断しています。
データを取得してからの、複雑な処理に関しては、Serviceとして、登録したクラス郡に任せるのが良さそうです。