sitecustomize.py を使わず usercustomize.py を使おうね

sitecustomize.pyを置く前にusercustomize.pyを置いてみてはいかがでしょうか。

配置場所

>>> import site
>>> userdir = site.getusersitepackages()

実体

windows

>>> userdir()
'C:\\Users\\owner\\AppData\\Roaming\\Python\\Python27\\site-packages'

ubuntu

>>> userdir()
'/home/owner/.local/lib/python2.7/site-packages'

mac

>>> userdir()
'/Users/owner/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages'

ディレクトリを作る

windows

>>> os.makedirs(userdir)
>>> os.system('explorer.exe %s' % userdir)
1

usercustomize.pyを作成

windows

>>> f = open("%s\\usercustomize.py" % userdir,"w")
>>> str="""import sys
... sys.setdefaultencoding('utf-8')
... """
>>> f.write(str)
>>> f.close()

usercustomize.pyの処理が適用されたか確認

>>> import sys
>>> sys.getdefaultencoding()
'utf-8'

失敗していればasciiが表示される。