Flask-Migrate導入後の空DBで「テーブルが存在しない」と失敗した原因と、初期マイグレーションを修復した記録

はじめに

FlaskとPostgreSQLで開発している売上管理アプリのマイグレーション履歴を確認したところ、重大な問題が見つかりました。

既存のローカルDBでは正常に起動できるものの、まっさらなPostgreSQLデータベースでは、現在のマイグレーション履歴だけでテーブルを作成できない状態になっていました。

原因は、最初のマイグレーションがテーブル作成ではなく、既存テーブルへのカラム追加から始まっていたことです。

空のPostgreSQL
  ↓
productsテーブルへis_activeカラムを追加
  ↓
productsテーブルが存在しないため失敗

この記事では、以下の流れを記録します。

• 問題を発見した経緯
• マイグレーション履歴の調査
• 初期マイグレーションの追加
• 空DBからの構築検証
• 既存DBへ影響しないことの検証
• 実装時に注意した点

Codexを使った調査と検証

今回の調査・修正では、VS Code上のCodexを使用しました。

ただし、Codexへ全面的に任せたのではなく、作業を次の段階に分け、各段階で実行範囲を限定しました。

静的調査
  ↓
修正案の設計
  ↓
変更対象を限定した実装
  ↓
静的検証
  ↓
空DBでの動的検証
  ↓
既存DBの複製環境での検証
  ↓
最終確認
  ↓
commit・push

各工程では、以下のような条件を明示しました。

• 調査段階ではファイルを変更しない
• 実装対象をマイグレーション2ファイルだけに限定する
• 通常のローカルDBへ直接マイグレーションを実行しない
• 検証用のComposeプロジェクト名を分ける
• 既存DBはpg_dumpから作成した複製DBで検証する
• 問題が見つかっても勝手に修正しない
• commit・pushは最終確認後にだけ許可する

Codexは、マイグレーション履歴の確認、差分の表示、検証用コマンドの実行、結果の整理に使用しました。

一方で、修正方針の採用、DBを扱う際の安全条件、削除対象、commit・pushの判断は、各工程の結果を確認したうえで人間側が決定しました。

今回の経験から、AIコーディング支援は単にコードを生成させるだけではなく、

変更範囲、禁止事項、検証条件、停止条件を明示して使う

ことが重要だと感じました。

開発環境

主な構成は以下です。

• Python
• Flask
• Flask-SQLAlchemy
• Flask-Migrate
• Alembic
• PostgreSQL
• Docker Compose
• pytest

Dockerコンテナの起動時には、次のようにマイグレーションを適用してからGunicornを起動する構成にしていました。

flask db upgrade && gunicorn ...

この構成では、マイグレーションが失敗するとGunicornまで到達せず、Webアプリも起動しません。

問題の発見

migrations/versions/を確認すると、存在するマイグレーションファイルは1件だけでした。

043c481b4069_add_is_active_to_products.py

このファイルは履歴上の最初のrevisionでした。

revision = '043c481b4069'
down_revision = None

しかし、upgrade()が行っていたのは、既存のproductsテーブルへis_activeカラムを追加する処理だけでした。

def upgrade():
    with op.batch_alter_table('products', schema=None) as batch_op:
        batch_op.add_column(
            sa.Column(
                'is_active',
                sa.Boolean(),
                server_default=sa.true(),
                nullable=False
            )
        )

つまり、次のテーブルを作成するマイグレーションがありませんでした。

• products
• daily_sales

プロジェクト全体を調べても、以下の処理は存在しませんでした。

op.create_table('products', ...)
op.create_table('daily_sales', ...)
db.create_all()

なぜ既存DBでは動いていたのか

既存DBでは、Flask-Migrateを導入する以前に別の方法でテーブルが作成されていたと考えられます。

履歴としては、次のような状態です。

Alembic管理外でproductsとdaily_salesを作成
  ↓
Flask-Migrateを導入
  ↓
productsへis_activeを追加

そのため、すでにテーブルが存在する既存DBでは問題なく動きます。

一方、空DBでは最初から次の処理が実行されます。

ALTER TABLE products
ADD COLUMN is_active BOOLEAN DEFAULT true NOT NULL;

しかし、空DBにはproductsが存在しません。

その結果、概ね次の流れで失敗します。

productsテーブルが存在しない
  ↓
最初のマイグレーションが失敗
  ↓
flask db upgradeが非ゼロ終了
  ↓
Gunicornが起動しない
  ↓
Webアプリが起動しない

現在のモデル

アプリには、次の2モデルが存在します。

Product

class Product(db.Model):
    id = db.Column(db.Integer, primary_key=True)
    year = db.Column(db.Integer, nullable=False)
    month = db.Column(db.Integer, nullable=False)
    name = db.Column(db.String(100), nullable=False)
    price = db.Column(db.Integer, nullable=False)
    is_active = db.Column(
        db.Boolean,
        nullable=False,
        server_default=db.true()
    )

DailySales

class DailySales(db.Model):
    id = db.Column(db.Integer, primary_key=True)
    product_id = db.Column(
        db.Integer,
        db.ForeignKey('products.id'),
        nullable=False
    )
    date = db.Column(db.Date, nullable=False)
    quantity = db.Column(
        db.Integer,
        nullable=False,
        default=0
    )

修正方針

検討した主な方法は以下です。

1. 初期マイグレーションを履歴の先頭へ追加する

初期テーブル作成
  ↓
is_active追加

既存のカラム追加履歴を残しながら、自然なマイグレーション履歴へ修正できます。

2. 既存の最初のマイグレーションを書き換える

既存revision内で、現在のテーブルをすべて作成する方法です。

ただし、適用済みマイグレーションの処理内容そのものを大きく変更するため、履歴の信頼性が下がります。

3. テーブルの有無を判定する条件付きマイグレーションにする

productsがなければ作成し、存在すればカラム追加する方法です。

複数のDB状態に対応できますが、状態依存の処理が増え、検証が複雑になります。

4. db.create_all()とstampを使う

モデルから直接テーブルを作成し、Alembicのrevisionだけを記録する方法です。

短時間では実現できますが、モデルとマイグレーション履歴がずれる可能性があるため、今回は採用しませんでした。

採用した方法

今回は、初期マイグレーションを履歴の先頭へ追加する方法を採用しました。

変更後の履歴は次のとおりです。

base
  ↓
b7e2c4a91f30
create products and daily_sales
  ↓
043c481b4069
add is_active to products
  ↓
head

初期マイグレーションの実装

次のファイルを追加しました。

migrations/versions/b7e2c4a91f30_create_initial_tables.py

内容は以下です。

"""create initial products and daily_sales tables

Revision ID: b7e2c4a91f30
Revises:
Create Date: 2026-08-06

"""
from alembic import op
import sqlalchemy as sa


revision = 'b7e2c4a91f30'
down_revision = None
branch_labels = None
depends_on = None


def upgrade():
    op.create_table(
        'products',
        sa.Column(
            'id',
            sa.Integer(),
            nullable=False
        ),
        sa.Column(
            'year',
            sa.Integer(),
            nullable=False
        ),
        sa.Column(
            'month',
            sa.Integer(),
            nullable=False
        ),
        sa.Column(
            'name',
            sa.String(length=100),
            nullable=False
        ),
        sa.Column(
            'price',
            sa.Integer(),
            nullable=False
        ),
        sa.PrimaryKeyConstraint('id')
    )

    op.create_table(
        'daily_sales',
        sa.Column(
            'id',
            sa.Integer(),
            nullable=False
        ),
        sa.Column(
            'product_id',
            sa.Integer(),
            nullable=False
        ),
        sa.Column(
            'date',
            sa.Date(),
            nullable=False
        ),
        sa.Column(
            'quantity',
            sa.Integer(),
            nullable=False
        ),
        sa.ForeignKeyConstraint(
            ['product_id'],
            ['products.id']
        ),
        sa.PrimaryKeyConstraint('id')
    )


def downgrade():
    op.drop_table('daily_sales')
    op.drop_table('products')

テーブルの作成順序

daily_sales.product_idはproducts.idを参照します。

そのため、upgradeでは必ずproductsを先に作成します。

1. products
2. daily_sales

downgradeでは逆順に削除します。

1. daily_sales
2. products

参照元のdaily_salesを先に削除しないと、外部キー制約によってproductsを削除できない可能性があります。

is_activeを初期マイグレーションに含めなかった理由

初期マイグレーションでは、あえてis_activeを作成していません。

基礎revision
  └── productsをis_activeなしで作成
        ↓
既存revision
  └── is_activeを追加

これにより、既存の「あとからis_activeを追加した」という履歴を維持できます。

初期マイグレーション単体ではなく、headまで適用した最終状態が現在のモデルと一致する構成です。

既存revisionの変更

既存の043c481b4069では、revisionの接続情報だけを変更しました。

変更前：

revision = '043c481b4069'
down_revision = None

変更後：

revision = '043c481b4069'
down_revision = 'b7e2c4a91f30'

ドキュメント文字列のRevisesも更新しました。

-Revises:
+Revises: b7e2c4a91f30

既存のupgrade()とdowngrade()の処理本体には触れていません。

quantityへserver_defaultを追加しなかった理由

DailySales.quantityには、モデル側でdefault=0があります。

quantity = db.Column(
    db.Integer,
    nullable=False,
    default=0
)

このdefault=0は、SQLAlchemyがINSERT時に補うPython側のデフォルトです。

DB側のデフォルトを表すserver_defaultではありません。

そのため、初期マイグレーションには次の設定を追加しませんでした。

server_default='0'

追加してしまうと、現在のモデルが表していないDB側の仕様を新たに作ることになります。

静的検証

DBを起動する前に、マイグレーションファイルの構文を確認しました。

PYTHONPYCACHEPREFIX=/tmp/sales_data_app_pycompile \
python -m py_compile \
migrations/versions/b7e2c4a91f30_create_initial_tables.py \
migrations/versions/043c481b4069_add_is_active_to_products.py

結果は正常でした。

終了コード: 0
構文エラー: なし

revisionも次の1本道になっていることを確認しました。

base
  ↓
b7e2c4a91f30
  ↓
043c481b4069
  ↓
head

空DBからの初期構築検証

通常のローカルDBへ影響を与えないよう、Composeのプロジェクト名を変更して、完全に分離した検証環境を作成しました。

docker compose \
  -p sales_data_app_migration_test \
  up --build -d

通常環境と検証環境では、コンテナ・ネットワーク・ボリュームが別名になります。

通常環境:
sales_data_app_postgres_data

検証環境:
sales_data_app_migration_test_postgres_data

検証用DBは完全な空DBです。

起動ログでは、次の順序でマイグレーションが実行されました。

Running upgrade  -> b7e2c4a91f30,
create initial products and daily_sales tables

Running upgrade b7e2c4a91f30 -> 043c481b4069,
add is_active to products

その後、Gunicornも正常に起動しました。

Starting gunicorn 26.0.0
Listening at: http://0.0.0.0:5000
Booting worker

HTTPアクセスも成功しました。

200 text/html; charset=utf-8

空DBに作成された構造

作成されたテーブルは次の3つです。

alembic_version
products
daily_sales

products

列	型	NULL	DBデフォルト
id	integer	不可	IDシーケンス
year	integer	不可	なし
month	integer	不可	なし
name	varchar(100)	不可	なし
price	integer	不可	なし
is_active	boolean	不可	true

daily_sales

列	型	NULL	DBデフォルト
id	integer	不可	IDシーケンス
product_id	integer	不可	なし
date	date	不可	なし
quantity	integer	不可	なし

外部キーも想定どおり作成されました。

daily_sales.product_id
  ↓
products.id

削除規則は次のとおりです。

ON DELETE: NO ACTION
ON UPDATE: NO ACTION

モデルに存在しないON DELETE CASCADEは追加されていません。

また、以下も追加されていないことを確認しました。

• 独立したUNIQUE制約
• CHECK制約
• モデルにないインデックス
• quantityのDB側デフォルト

最終revisionは次のとおりです。

043c481b4069

既存DB相当の検証

次に確認したのは、すでに043c481b4069まで適用済みの既存DBで、追加した初期revisionが再実行されないことです。

既存DBそのものへ直接マイグレーションを実行するのではなく、次の手順を取りました。

通常DBを読み取り専用で起動
  ↓
pg_dumpを取得
  ↓
通常DBを停止
  ↓
別の検証用PostgreSQLへ復元
  ↓
複製DBだけにflask db upgradeを実行

通常DBのWebコンテナは起動していません。

ダンプ取得時には、読み取り専用設定を使用しました。

PGOPTIONS=-c default_transaction_read_only=on

複製DBでのupgrade

複製DBの状態は次のとおりでした。

alembic_version = 043c481b4069
products = 16件
daily_sales = 16件

この状態で、複製DBだけにマイグレーションを実行しました。

docker compose \
  -p sales_data_app_existing_migration_test \
  run --rm --no-deps --build \
  web flask db upgrade

結果は正常終了しました。

終了コード: 0

ログには次の表示がありませんでした。

Running upgrade -> b7e2c4a91f30
create initial products and daily_sales tables

CREATE TABLEやテーブル重複エラーも発生していません。

つまり、Alembicは現在のDBをすでにheadへ到達している状態として扱い、あとから祖先に追加された基礎revisionを再実行しませんでした。

upgrade前後の比較

upgrade前後で、以下を比較しました。

• alembic_version
• テーブル一覧
• 列名
• データ型
• NULL制約
• DBデフォルト
• 主キー
• 外部キー
• UNIQUE制約
• CHECK制約
• インデックス
• シーケンス状態
• productsの全行
• daily_salesの全行

全行を主キー順のCSVに出力し、cmpとSHA-256ハッシュで比較しました。

結果はすべて完全一致でした。

比較対象	upgrade前	upgrade後
revision	043c481b4069	043c481b4069
products	16件	16件
daily_sales	16件	16件
スキーマ	一致	一致
制約	一致	一致
インデックス	一致	一致
シーケンス	一致	一致
全データ	一致	一致

これにより、次の2点を確認できました。

空DB:
基礎revisionが実行される

既存DB:
基礎revisionは再実行されない

pytest

最後に、既存テストを実行しました。

PYTHONDONTWRITEBYTECODE=1 \
pytest -p no:cacheprovider

結果：

3 passed in 0.06s

Git差分

変更したのは、マイグレーション関連の2ファイルだけです。

migrations/versions/
├── b7e2c4a91f30_create_initial_tables.py
└── 043c481b4069_add_is_active_to_products.py

コミット内容：

9a4422e fix: add initial database migration

今回の学び

1. 既存DBで動くことと、空DBから再構築できることは別

既存DBに必要なテーブルが残っていれば、マイグレーション履歴が不完全でもアプリは動くことがあります。

しかし、新しい開発環境、テスト環境、別PC、再デプロイ先では、空DBから構築できることが重要です。

既存環境で起動できる
≠
マイグレーション履歴が正しい

2. マイグレーションは現在のスキーマだけでなく、到達経路も重要

モデルと現在のDB構造が一致していても、それだけでは十分ではありません。

空DB
  ↓
各revisionを順番に適用
  ↓
現在のモデルと一致

この到達経路が成立している必要があります。

3. 適用済みrevisionの変更は慎重に検証する

今回は既存revisionのdown_revisionを変更しました。

設計上は成立していても、既存DBでどのように扱われるかは、実際の複製DBで確認する必要があります。

今回は、既存DBを直接変更せず、pg_dumpから作った複製DBで検証しました。

4. 空DBと既存DBの両方を試す

マイグレーション修正では、少なくとも次の2経路を確認する必要があります。

1. 空DB → upgrade head
2. 適用済みDB → upgrade head

片方だけでは、新規環境か既存環境のどちらかを壊す可能性があります。

5. 検証環境の分離は名前だけでも大きな効果がある

Composeのプロジェクト名を変更することで、通常環境とは別のコンテナ・ネットワーク・ボリュームを作成できます。

docker compose -p migration_test ...

ただし、実行前には必ず実際のボリューム名や接続先を確認することが重要です。

6. ⚠ AIには変更内容だけでなく、停止条件も伝える ⚠

Codexへ指示するときは、実装内容だけでなく以下も明示しました。

• 今回は調査だけ
• まだDBを起動しない
• 問題を見つけても勝手に直さない
• 通常DBには書き込まない
• 削除前に対象を提示して承認を待つ
• commit・pushは最終確認後に行う

AIに作業を依頼する場合、「何をするか」 だけでなく 「どこで止まるか」 を指定することで、意図しない変更を防ぎやすくなります。

まとめ

今回の問題は、最初のマイグレーションがテーブル作成ではなく、既存テーブルへのカラム追加から始まっていたことでした。

修正前：

空DB
  ↓
productsへis_active追加
  ↓
productsが存在せず失敗

修正後：

空DB
  ↓
products作成
  ↓
daily_sales作成
  ↓
productsへis_active追加
  ↓
アプリ起動

さらに、既存DB相当の複製環境でも、基礎revisionが再実行されず、スキーマやデータが変化しないことを確認しました。

マイグレーションは、現在のDBでアプリが動くかだけではなく、

空のデータベースから、履歴だけを使って現在の状態へ到達できるか

まで確認する必要があると学びました。

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