[R] パッケージの一括インストール・ロード (CRAN, Bioconductor)

R(v3.5以上)のパッケージを一括でインストール・ロードするためのスクリプトのメモです。

p_loadを使う（おすすめ）

pacmanのp_load関数を使うと、CRANだけでなくBioconductorからもインストールとロードができます。

options(repos = "https://cran.ism.ac.jp/")
if (!requireNamespace("pacman", quietly = T)) install.packages("pacman")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = T)) install.packages("BiocManager")
pacman::p_load(tidyverse, SpectralTAD)

BiocManagerを使う

BiocManagerを用いるとCRAN/Bioconductor/GitHubの
リポジトリからパッケージをインストールすることができます。

# もしBiocManagerのバージョンが古い場合は一旦削除します。
# remove.packages("BiocVersion") 

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

pkgs <- c("tidyverse","rstan", "edgeR")

for(pkg in pkgs) if (!require(pkg, character.only = T)){
    BiocManager::install(pkg, update = F)
    require(pkg, character.only = T)
}

以前はCRANはinstall.pacages()、BioconductorからはbiocLite()と
別の関数を使う必要がありましたが、BiocManager::installで一括できるのは便利です。