※過去の記事はこちら
→ColaboratoryでRDKit (2021.2.26版) - Qiita https://qiita.com/tonets/items/0d991dd16911a689e1ee
※ 書いてから検索して同じ内容の記事があることを見つけてしまいました が、勿体ないのでそのまま残します。
→RDKit 超簡単インストール - Qiita https://qiita.com/bono0/items/891fb8bde303e782c05d
Google ColaboratoryでRDKitを使うときのインストール方法。
数多の記事があるが、更新されてなくて動かなくなっていることも多いので、現時点版を書きます。
!pip install rdkit-pypi
以上！
いけたかどうかを確認。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Descriptors
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from IPython.display import display
from IPython.display import Image
m = Chem.MolFromSmiles("CC1=CNC2=CC=CC=C12")
display(m)
無事Colabで化合物が表示されていれば成功です。よいRDKitライフを。