ColaboratoryでRDKit (2021.2.26版)

Google ColaboratoryでRDKitを使うときのインストール方法。
数多の記事があるが、更新されてなくて動かなくなっていることも多いので、現時点版を書きます。

!wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!conda install python=3.6 --yes
!conda install -q -y -c rdkit python=3.6 rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.6/site-packages/')

これでいけます。

いけたかどうかを確認。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Descriptors
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from IPython.display import display
from IPython.display import Image

m = Chem.MolFromSmiles("N#Cc1cccc(CN2C(=O)C(=O)c3cccc(Br)c32)c1")
display(m)

無事Colabで化合物が表示されていれば成功です。よいRDKitライフを。