Atlassian SDKでJIRA Softwareを利用したかったのでその手順メモを記載します。
ただ、参照ドキュメントのGetting startedは適宜更新されていますが、Atlassian SDKは2015年移行アップデートされていないので、最新版のJIRAへの対応は少し不安。

前提条件

デフォルトで利用されるJIRA Coreのバージョンは7.13.0とする
対応するJIRA Softwareのバージョンも7.13.0

JIRAのプラグイン開発環境構築手順

下記のサイトを参考（チュートリアル項目）にし、atlassian SDKを入れるとよい
- https://developer.atlassian.com/server/framework/atlassian-sdk/set-up-the-atlassian-plugin-sdk-and-build-a-project/
プラグインはJavaのOSGiフレームワークを利用している

JIRA Softwareモジュールの挿入

下記のサイトを参考にし、下記の手順を実施する
- https://developer.atlassian.com/server/framework/atlassian-sdk/configure-amps-to-run-jira-core-with-additional-applications-installed/?_ga=2.230380444.1853859364.1554083378-1147696247.1547177275
作成したプラグインフォルダ（myPluginならばその直下に存在する）にあるpom.xmlに下記項目を追加する
- <applications> ～ </applications>の個所
- <jira.software.version>7.13.0</jira.software.version>の個所

[pom.xml]
                <configuration>
                    <productVersion>${jira.version}</productVersion>
                            (省略)
                    </instructions>

                    <applications>
                        <application>
                            <applicationKey>jira-software</applicationKey>
                            <version>${jira.software.version}</version>
                        </application>
                    </applications>

                </configuration>

[pom.xml]
    <properties>
        <jira.version>7.13.0</jira.version>
        <amps.version>8.0.0</amps.version>
        <jira.software.version>7.13.0</jira.software.version>
        <plugin.testrunner.version>2.0.1</plugin.testrunner.version>

JIRA の起動

プラグインのフォルダに入り、下記コマンドを実行する

$ atlas-run

JIRA Softwareモジュールの確認

ログインする
プロジェクト作成の時にカンバンソフトウェア開発のものが出ていればOK（通常だと、表示もされず、選択もできない）

以上。