Notionを使った論文管理

Posted at 2024-09-10

Notionでの論文管理

Notionを使ってこのように論文管理をしています.

主な特徴　（ギャラリー表示と情報取得の半自動化）

論文を一番特徴的な画像を使って記録することが可能であり, 画像で記憶している場合に便利.
もちろんメモ機能などもあり, 必要な内容をメモしておくことが可能.
また, お互いの論文をリンクすることが可能であり, 参照が容易である.
PDFを１つのファイルあたり, 一般の人は5MB, 学生はファイルの容量制限なしにアップロード可能.

データベースの半自動化

しかし, これらのデータベースに１つずつ手入力を行うことはかなり億劫なので, その自動化をしたい, そこで利用できるのが, Papntと呼ばれるPythonによるコマンドツールである.

できること

papnt doi ：DOIを入力後, その情報から論文の情報を取得する.
- 基本的にはこの機能を使って普段は使用している.
papnt pdf ：PDFをアップロード後, その情報から論文の情報を取得する.

準備

Notionでの準備

テンプレートの準備

以下のテンプレートをNotionで準備する.
- ArticleDB(Template)
リンクからデータベースIDとビューIDを取得する. なお, リンクは画像の右上の･･･から取得できます.
- https://www.notion.so/<データベースID>?v=<ビューID>

NotionでのAPI取得

My integrations に移動する.

New integrationをクリックし, Nameをきめ, Associated workspaceとTypeを選択する.

Saveをクリックし, 以下の画面から, Internal Integration Secretを取得します.

Integration からデータベースにアクセス

右上の･･･から先程作成したIntegrationである, "ArticleDB"を選択する.

Papntのインストール

pipまたはhomebrewでインストールをする. それぞれコマンドは以下の通り.
% pip3 install git+https://github.com/issakuss/papnt.git@main
% brew install issakuss/papnt/papnt

Papntの設定

papntとだけ打つと, 以下のようなメッセージが返ってきます.
- Your config file is in: /opt/homebrew/Cellar/papnt/0.0.1/libexec/lib/python3.10/site-packages/papnt/config.ini
先程のメッセージのサイトに移動し, ファイルを開きます.

内容は以下のようになっており, 上記で取得した, tokenkeyとdatabase_idを記入します.

tokenkey = '' database_id = ''

config.iniの内容

[database]
    tokenkey = ''
    database_id = ''

[propnames]  ; Propety Names
    ; bib name = property name
    ; Check bib names: https://ja.wikipedia.org/wiki/BibTeX
    ; Note that bib names will be used as lower case
    doi = DOI
    author = Authors
    title = Title
    edition = Edition
    year = Year
    journal = Journal
    volume = Volume
    pages = Pages
    publisher = Publisher
    ID = Citekey
    ENTRYTYPE = Type
    howpublished = HowPublished

    ; Other property
    output_target = Cite in
    pdf = PDF

[abbr]  ; Specifiation of abbreviation
    Full Name = Abbreviated
    PLOS ONE = PLOS ONE

[misc]
    ; Directory to save bib files
    dir_save_bib = ''