WinSCPを使用していたら、ローカルでは隠しファイルが表示されているのに
リモートでは表示されていないという現象が発生。

解決方法

WinSCP画面上部のオプションタブから、環境設定を開く。
左ペインの「パネル」を選択する。
「隠しファイルを表示する」のチェックボックスにチェックを入れてOKボタンを押下。
ちなみに、隠しファイルを表示するか否かは「ctl + alt + H」で変更可能。