bowerにはあるけどnpmにはないパッケージをbowerを使わずにnpmでインストールしたいことがあったので
npmでインストールしたいリポジトリにpackage.jsonがあること
なくてもどうにかできそうだけど
バージョンは指定できない?

githubのリポジトリの場合
リポジトリの前にgit+
リポジトリの後に.git
をつけて
例) device.jsの場合リポジトリ(https://github.com/matthewhudson/device.js)

npm install git+https://github.com/matthewhudson/device.js.git --save-dev

自分のpackage.jsonに追加されていることを確認

package.json

"devDependencies": {
  "device.js": "git+https://github.com/matthewhudson/device.js.git"
}

main.js

import device from 'device.js'

git+https://github.com/jquery/PEP.git

swiper(https://github.com/nolimits4web/Swiper)
git+https://github.com/nolimits4web/Swiper.git