問題

pandas のデータフレームを pd.concat を用いて連結したとき、列の順番が勝手に変わってしまうことがある。

>>> df = pd.DataFrame([[1, 2], [3, 4]], index=[0, 1], columns=['B', 'A'])
>>> df2 = pd.DataFrame([[1, 2], [3, 4]], index=[0, 1], columns=['A', 'B'])
>>> pd.concat([df, df2])
   A  B # df に合わせて B A がいい!
0  2  1
1  4  3
0  1  2
1  3  4

cf: https://github.com/pandas-dev/pandas/issues/4588

解決方法

列の順番を変えないためには、DataFrame.append メソッドを使う。

>>> df.append(df2)[df.columns.tolist()]
   B  A
0  1  2
1  3  4
0  2  1
1  4  3

これで df の列の順番を保ったままデータフレームを結合できる。複数のデータフレームを結合する場合は、df.append([df1, df2]) などデータフレームのリストを渡せばいい。

ただし、DataFrame.append は遅いのでたくさんの行を結合する場合は使わないほうがよい。

参考

追記

実行環境を書き忘れていたので追記

Python 3.6.1
pandas 0.19.2