原因
- bash_profileにnvmの設定を記述していた
- bash_profileは対話モードじゃないと読み込まれない
 参考
- しょうがないので/usr/local以下のnvmとは関係ない古いnpmが呼ばれる
→npxコマンドが存在しない
現状
ecosystem.json
  "deploy" : {
    "production" : {
      "user" : "dev",
      "host" : "**********",
      "ref"  : "origin/master",
      "repo" : "**********",
      "path" : "/home/dev/www/",
      "post-deploy" : "npm install && npx sequelize db:migrate"
    }
対策
その1:nvmの設定をbash_profileではなくbashrcに記述する
その2:post-deployにsource ~/.bash_profileを追加する
"post-deploy" : "source ~/.bash_profile && npm install && npx sequelize db:migrate"
検索しても同じ状況の人が全然見つからなかったのでたどり着くのに時間がかかりました・・・。