はじめに

git add -u .とやると、「更新ファイル」のみaddしてくれますが、
「新規ファイル」「削除ファイル」のみと言うオプションは用意されていません。（たぶん）

やりたいときは、シェル芸で行きましょう。

Gitの対話モードgit add -iで可能でした
詳しくはこの辺りを参照。

この記事では「対話モードを使わずにadd」という観点で書いてあります。

削除ファイルのみadd

git status | grep deleted | awk '{print $2}' | xargs git add

または

git status -s | grep ' D ' | awk '{print $2}' | xargs git add

git status -s | grep '?? ' | awk '{print $2}' | xargs git add

追加ファイルの場合は普通にgit statusとやるとファイル別のgrepがしづらいので、
git status -sが必須ですねー。

では、シェル芸で素敵なgitライフを！