結論
環境変数 CONDA_JL_VERSION=3 を設定してから、Juliaを起動します。
あるいは、Julia のコマンドライン (REPL) から
julia> ENV["CONDA_JL_VERSION"]=3
3
julia> Pkg.add("PyCall")
なお、何かのパッケージを導入済みの場合は、それらを全部消去してから、Pkg.addしてみてください。 （Mac だと、ホームディレクトリ直下の .julia ディレクトリ以下に、Juliaが導入したふファイルがあります。）
説明
Julia の現行版 0.6 の MacOS, Windows バイナリで、2次元グラフ描画パッケージ PyPlot が絵を描かなくなりました。
これは、PyPlotが想定する matplot のバージョン違いが理由です。
Julia がデフォルトで内部に導入する Python環境は miniconda 2で、これに含まれる matplotlib はバージョン 1.5系です。しかし、現行の PyPlot は matplotlib 2.0系を要求します。
冒頭の指定は、miniconda 3 を内部に導入するように指定するものです。miniconda 3 に含まれる matplotlib は 2.0系ですから、これを指定してから追加した PyPlot はちゃんと動作します。
ところで、Julia 0.6 のバージョンアップで、多くのパッケージが影響を受けたようですね。