まず、2つのGASを別の関数としてスプレッドシートに紐づけて書いているでしょうか。
もしそうなら、トリガー設定時に実行する関数
で選択することでそれぞれのプログラムをそれぞれのタイミングで実行できるのではないでしょうか。
もし、①の後に②を必ず実行するのなら、上記の二つの関数を実行する関数を別に作成してトリガーを設定すればいいかと思います。
また、②のプログラムが長いとのことですが、GASには実行時間6分の制限があります。
もしこれが原因なら、トリガー
の下にある実行数
の部分で実行時間を見ることで判断できます。
また、これの回避方法として、以下のような方法もあります。