Atom BeautifyでPHPのソースフォーマットをする場合、デフォルトではできないのでPHP-CS-Fixerをインストール又は設定してあげる必要があります。
php-cs-fixer-v2.phar ファイルが必要になるので、ダウンロードしてくる必要があります。
前提条件
Atom、Atom Beautifyのインストール
Composerからインストール
Composerからインストールする場合は、https://github.com/FriendsOfPHP/PHP-CS-Fixer に書かれているコマンドを実行すれば設定しなくてもフォーマット可能になります。
composer global require friendsofphp/php-cs-fixer
手動インストール
手動で設定したい場合は、http://cs.sensiolabs.org/ のトップ画面に「Locally」という項目があるので、php-cs-fixer.pharという名前でリンクが置いてあるのでまずはそれをクリックしてphp-cs-fixer-v2.pharをダウンロードします。ダウンロードしたファイルは任意の場所に配置してください。
次にAtomを起動してメニューから「ファイル」→「環境設定」→「Packages」→「atom-beautify」→「PHP」まで移動して、項目「PHP-CS-Fixer Path」に先ほどインストールしたphp-cs-fixer.pharの絶対パスを設定してください。
追記
Composerでも手動でも「PHP-CS-Fixer Path」を指定してください。
Composerからインストールした場合、エラーは消えるものの動作してませんでした。。。