phpはv5.5です。IntelliJはUltimate、v12の最新です。PhpStormでも同様だと思います。
php、xdebugいずれもhomebrewでインストールしました。
インストール方法は割愛

xdebug

xdebugの設定は下記に変更。

/usr/local/etc/php/5.5/conf.d/ext-xdebug.ini



[xdebug]
zend_extension="/usr/local/Cellar/php55-xdebug/2.2.3/xdebug.so"
xdebug.remote_port=9500
xdebug.remote_enable=true
xdebug.profiler_enable=true
xdebug.remote_autostart=true
xdebug.remote_connect_back=true

リモートポートはデフォルトでは9000です。
ほかとバッティングしたので、9500に変更しています。

IntelliJ

Preferences -> PHP -> Debug

Xdebugのところで、Debug portを、9500に変更します。

デバッグ実行

IntelliJの虫のアイコンの右隣に2つ目（わかりづらくてすみません）、
電話みたいなアイコンがあるので、それを押す。
ソースコードにブレークポイントを設定して、ブラウザから叩いた時に止まればOK。