PyMC3用の環境構築

はじめに

PyMC2系を利用するための環境は特に苦労なく構築できるのですが、PyMC3系の環境はすんなりいかなかったので備忘録的に残しておきます。

環境

項目名	バージョン
Linux ディストリビューション	Ubuntu 20.04.3 LTS
Python	3.9.7
PyMC3	3.11.4

Python は pyenv で管理されていることを前提とします。

構築手順

必要なパッケージのインストール

sudo apt-get install gcc g++ gfortran make git libssl-dev libbz2-dev zlib1g-dev libreadline-dev libsqlite3-dev libffi-dev

Python のインストール

theano からの要請で、共有ライブラリ libpythonX.Y.a (X.Y は Python のバージョン) が位置独立コードでなければならないため、コンパイルオプション -fPIC を指定してビルドします。

CFLAGS="-fPIC" pyenv install 3.9.7

pip を最新版にアップグレードしておきます。

pip install --upgrade pip

PyMC3 のインストール

pip install pymc3

NumPy のダウングレード

NumPy 1.22 以降をインストールすると pymc3 インポート時に以下のようなエラーが出るため、ダウングレードをしておきます。

AttributeError: module 'numpy.distutils.__config__' has no attribute 'blas_opt_info'

pip install 'numpy<1.22'

補足

Python のバージョンが古いと最新の PyMC3 がインストールされません。たとえば Python-3.6 系の場合、PyMC3 3.10.0 がインストールされます。この場合 import pymc3 as pm を実行すると以下のエラーが出ます。

~/.anyenv/envs/pyenv/versions/3.6.15/lib/python3.6/site-packages/pymc3/stats/__init__.py in <module>
     45 compare = map_args(az.compare)
     46 ess = map_args(az.ess)
---> 47 geweke = map_args(az.geweke)
     48 hpd = map_args(az.hpd)
     49 loo = map_args(az.loo)

AttributeError: module 'arviz' has no attribute 'geweke'

Python のバージョンを変えたくないのであれば、arviz をダウングレードすることによって上記問題を解決することができます。

pip install 'arviz<=0.11.0'