Obsidian と Claude Code で「セカンドブレイン」を運用して1か月で決めたルール

この記事の目的

Obsidian の Vault（ノートを入れるフォルダ）を Claude Code に読み書きさせ、メモの整理やタスクの照合を任せる「セカンドブレイン」を、2026年9月下旬から約1か月運用しました。この記事ではその構成と、運用しながら決めたルールを紹介します。

対象は Obsidian か Claude Code のどちらかを使ったことがあり、メモやタスクの整理を AI に手伝わせたい人です。ツールの導入手順は扱いません。

全体の構成

使っている道具と役割は次のとおりです。

道具	役割
Obsidian	知識・文脈・記録の置き場所。中身はただの Markdown ファイル
Claude Code	Vault のフォルダで起動し、ノートの整理、タスクとの照合、提案をする
Todoist	タスクの管理。タスクの情報はここを正とする
Google カレンダー	予定。Claude は主に読むだけ
Self-hosted LiveSync	Obsidian のプラグイン。PC とスマホの Vault を同期する1

Claude Code は起動したフォルダにある CLAUDE.md を毎回読み込みます²。Vault の最上位に CLAUDE.md を置き、フォルダの使い方、ノートの書き方、Claude にしてよいこととしてはいけないことを書いています。Todoist と Google カレンダーは Claude のコネクタ経由で読み書きします。

普段は短いメモをデイリーノートに書き、まとまったメモはスマホの Obsidian から 00_Inbox/ に入れておきます。そのうえで、朝と夜と週末に Claude Code へ決まった言葉で頼みます。整理の大半はそのときに Claude が行います。

フォルダは PARA と Inbox

フォルダの分け方は PARA³ に Inbox とジャーナルを足した形です。

00_Inbox/      未整理のメモ。新規ノートの保存先
01_Projects/   ゴールと期限がある取り組み
02_Areas/      期限のない責任領域（仕事、健康、お金、学び など8つ）
03_Resources/  参考情報（Books、Ideas、Notes、People、Recipes）
04_Archive/    完了・休止したもの。ノートは削除せずここへ移す
05_Journal/    Daily/YYYY-MM-DD.md と Weekly/gggg-Www.md
90_Templates/  テンプレート
99_System/     Bases（ダッシュボード）、添付ファイル、Claude 用の手順書
CLAUDE.md

すべてのノートの frontmatter に type（daily、project、area、book など）を付け、新しいノートは対応するテンプレートの構造で作るように CLAUDE.md で決めています。type と status がそろっていると、Obsidian の Bases⁴ で一覧を作れます。たとえば進行中のプロジェクトの一覧は、次のような .base ファイルで表示しています。

99_System/Bases/Projects.base

filters:
  and:
    - file.inFolder("01_Projects")
    - 'type == "project"'

formulas:
  days_left: 'if(due, (date(due) - today()).days, "")'

00_Inbox/ には temp.md という空のファイルを常に置いています。空になったフォルダが同期で消えないようにするためです。CLAUDE.md には「temp.md は処理・移動・削除しない」と書いています。

タスクは Todoist、知識は Obsidian

タスクの扱いは GTD⁵ を参考にしています。行動は Todoist、それ以外の知識や文脈は Obsidian に置きます。Obsidian のノートに書いたチェックボックスは一時的なもので、朝か夜に Todoist へ送ります。

Obsidian のプロジェクトノートには対応する Todoist のプロジェクト名を frontmatter（todoist_project）に書いておき、Claude に両者を照合させています。照合の向きによって、確認を取るかどうかを分けました。

向き	例	扱い
Todoist → ノート	Todoist で完了したタスクに対応するマイルストーンを - [x] にする。期限の変更をノートの日付に反映する	確認なしで反映し、あとで報告する
ノート → Todoist	ノートのマイルストーンに対応するタスクがない	追加を提案し、承認後に追加する

運用してみて足したルールが2つあります。

1つ目はタスクを追加する前の重複の確認です。Todoist の検索結果は件数の上限で切られるので、続きがある間は最後のページまで取得し、取得した件数が上限に達した結果だけで「ない」と判断しないように書きました。名前の一致ではなく意味で照合し、既存のタスクがあれば追加せず、日付や説明の差分だけを既存のタスクに反映します。

2つ目は家族と共有している Todoist のプロジェクトとカレンダーを参照だけにすることです。Claude は読んでノート側に反映はしますが、タスクの追加・更新・完了はしません。

CLAUDE.md に書いている権限

Claude にどこまで任せるかは、操作の種類ごとに4段階で決めています。

- 確認なしで実行（事後報告）：Claude が書く節（callout ブロック、Weekly の基準チェック表、決定ログ）への追記
- まとめて承認（朝・夜の2回）：Todoist へのタスク追加・期限変更
- 承認制：「基準チェックの定義」表の変更（基準の追加・目標値の変更）
- 禁止または個別確認：タスクの完了・削除、共有ワークスペースへの書き込み、ユーザーが書いた文章の書き換え

Claude が書く節は、Obsidian の callout（> [!check] などで始まる囲み）⁶にするように決めています。自分の書いた文章と Claude の書いた文章が見た目で分かれるので、Claude が追記してよい節と、書き換えてはいけない自分の文章を見分けられます。

起動は手動にしています。日中に Claude から声をかける仕組みも検討しましたが、朝と夜の2回で基準の確認と問いかけが回っていたので、見送りました。

朝・夜・週末の流れ

決まった言葉で頼むと、CLAUDE.md と手順書に沿って Claude が作業します。

頼む言葉	Claude がすること
今日のデイリーを準備して	デイリーノートの作成、健康の記録（睡眠・歩数など）の取り込み、今日の Todoist タスクの書き出し、時間割と直近の予定の準備、Inbox の整理、Todoist との照合
今日を振り返って	ログからタスク候補を拾って Todoist に追加、空欄の項目をまとめて1回質問、その日の問いを1つ
週次レビュー	1週間の集計、全 Area の基準の確認、60日先までの予定の一覧、プロジェクトの status の見直しの提案

朝の報告は、できなかったこと、承認してほしいこと、確認なしで行ったこと、の順に並べるように手順書に書いています。

夜の問いかけは1日1問にしています。遅れている基準や近づく期限から選び、「なぜやらなかったか」ではなく「何が邪魔したか」を聞くように指示しています。答えたくない日は skip でよいことにしています。

Area に基準を置いて照合する

各 Area のノートには自分で書く「維持したい基準」と、Claude が管理する「基準チェックの定義」の表を置いています。表は基準・測り方・目標の3列です。

| 基準 | 測り方 | 目標 |
|---|---|---|
| 個人開発に週10時間 | ログの「個人開発 2h」の合計 | 週10時間 |
| 月4冊読書する | Books の `finished`（当月） | 月4冊 |

測り方には実績をどこから取るか（ノートの項目や Todoist の完了履歴など）を書きます。毎日のデイリーノートに出すのは「期限まで3日以内で未達」か「2周期続けて未達」の項目だけで、最大5行にしています。週次レビューでは全 Area の表を出します。

決定ログ

お金・契約・仕事の方針・家族の予定などが決まったときは、該当するプロジェクトか Area のノートに、次の形で1〜3行を残させています。

決定 YYYY-MM-DD：内容／理由／見直し日

最初は理由のない決定が増えていきました。仕事のプロジェクトでは決定100件のうち97件に理由がなく、そのうち79件は「◯◯さんの判断」とだけ書いてありました。そこで「誰が決めたかは理由にならない」「理由が分からないときは 理由：未確認 と書く」と決め、週次レビューで仕様・範囲・費用に関わるものから最大3件ずつ理由を聞いて埋めるようにしました。

3週目の点検で変えたこと

運用を始めて約3週間たったころ、Claude に Vault 全体を点検させました。リンク切れとノート名の重複はありませんでしたが、運用の弱点がいくつか見つかりました。直したことを4つ挙げます。

CLAUDE.md を手順書に分けた

CLAUDE.md は15,657字まで増え、朝の手順は1段落に十数個の作業が詰まっていました。手順の途中が抜けやすいので、朝の手順を 99_System/Claude/デイリー準備.md に分け、CLAUDE.md には原則・権限・境界を残しました。分けた直後は13,306字になりました。

手順書は Claude Code のスキル（.claude/skills/）⁷にせず、Vault の中のノートにしました。Obsidian で読み書きでき、LiveSync の隠しファイルの同期設定に左右されず、Claude Code 以外のエージェントでも CLAUDE.md からの参照で読めるためです。

書く量を減らした

直近7日のデイリーノートは本文の57〜79%を Claude の callout が占めていました。自分が書く量より長くなっていました。そこで「変化のない節・該当のない節は書かない」と決め、時間割は時刻の決まった予定がある日だけ、直近の予定の一覧は月曜だけ全部を書き、火曜から日曜は差分だけにしました。

同じ情報を1か所にだけ書く

ある予定を3つのノートに書いていて、そのうち1つだけが古いまま残っていました。日程・金額・決定は該当するプロジェクトのノート1か所にだけ書き、ほかのノートからはリンク（[[ノート名#見出し]]）で参照するルールにしました。

黙って手順を飛ばさない

手順には Mac の Claude Code でしか使えない道具（iCloud Drive のファイルや一部のコネクタ）があります。Windows の別のエージェントから頼むと、エラーにならないまま手順が飛ばされることが分かりました。CLAUDE.md に「実行環境」の節を作り、道具がない環境では手順を黙って飛ばさず、報告の冒頭に「できなかったこと」として書くようにしました。

点検とは別に、ノートの本文が10,000字を超えたら見出しの単位で分けるルールも決めています。

今後見直すこと

CLAUDE.md は、その後ルールを足すうちに15,200字に戻りました。週次レビューと家計の確認の手順も、手順書に分ける予定です。

1. Self-hosted LiveSync: https://github.com/vrtmrz/obsidian-livesync ↩

2. Claude Code のメモリ（CLAUDE.md）: https://code.claude.com/docs/en/memory ↩

3. Tiago Forte「The PARA Method」: https://fortelabs.com/blog/para/ ↩

4. Obsidian ヘルプ「Bases」: https://obsidian.md/help/bases ↩

5. Getting Things Done: https://gettingthingsdone.com/ ↩

6. Obsidian ヘルプ「Callouts」: https://obsidian.md/help/callouts ↩

7. Claude Code のスキル: https://code.claude.com/docs/en/skills ↩