e-Stat の統計表を Python で取得して整形する：Excel の取り方・API の使い方・よくある落とし穴（秘匿・単位・桁ずれ）

Posted at 2026-10-29

公的統計のポータルサイト e-Stat から表を取ってきて、分析に使える形（縦持ち）に直すまでの手順をまとめます。これまで100本以上の分析記事で e-Stat のデータを使ってきましたが、時間がかかったのは分析よりも「表の読み方」でした。

この記事で扱うこと：

「ファイル」画面の Excel を statInfId で取る方法
API（アプリケーションID が必要）で取る方法の概要
横持ちの表を縦持ちにする小さな関数
「-」「…」「x」などの記号、単位、桁ずれを点検する関数

1. Excel ファイルを statInfId で取る

e-Stat の「統計データを探す → ファイル」の画面では、表ごとに Excel や CSV が置かれています。ダウンロードボタンのリンク先は、次の形です。

https://www.e-stat.go.jp/stat-search/file-download?statInfId=<13桁の番号>&fileKind=0

statInfId は表ごとの番号で、fileKind=0 が Excel です（CSV が用意されている表は fileKind=1）。番号さえ控えておけば、同じ表をいつでも取り直せます。分析のフォルダには、この番号と取得日を必ず書いておくようにしています。

import requests

FILE_URL = "https://www.e-stat.go.jp/stat-search/file-download?statInfId={sid}&fileKind=0"

def download(stat_inf_id: str, path: str) -> str:
    """e-Stat の「ファイル」画面にある Excel を statInfId で取得する"""
    r = requests.get(FILE_URL.format(sid=stat_inf_id), timeout=60)
    r.raise_for_status()
    with open(path, "wb") as f:
        f.write(r.content)
    return path

私の作業環境では、サーバーから政府のサイトに直接つなげない場面があったため、ブラウザの中で同じ URL を fetch し、JavaScript の Excel ライブラリ（SheetJS）で読んでから保存したこともあります。どちらの方法でも、取ってくるファイルは同じです。

2. API で取る（アプリケーションID が必要）

e-Stat には API もあります。ユーザー登録をしてアプリケーションID（appId）を発行すると、統計表ID（statsDataId）を指定して JSON で値を取れます。

import requests

API = "https://api.e-stat.go.jp/rest/3.0/app/json/getStatsData"
params = {"appId": "<あなたのappId>", "statsDataId": "<統計表ID>", "limit": 100000}
js = requests.get(API, params=params, timeout=60).json()
values = js["GET_STATS_DATA"]["STATISTICAL_DATA"]["DATA_INF"]["VALUE"]
# values は {"@tab": ..., "@cat01": ..., "@area": ..., "@time": ..., "$": "1234"} のリスト

API の値はもともと縦持ちなので、整形は楽です。その代わり、項目のコード（@cat01 など）を名前に直す対応表（CLASS_INF）を自分でつなぐ必要があります。また、API で出ていない表（古い年次の Excel だけの表など）もあります。私は「API があれば API、なければ Excel」という順で使い分けています。

3. 横持ちの表を縦持ちにする

Excel の表は、たいてい「行が地域、列が項目や年」の横持ちです。分析では「地域・項目・値」の縦持ちのほうが扱いやすいので、最初に変換します。ここで大事なのは、数値に直せなかった記号を捨てずに、別の列に残すことです。

import numpy as np
import pandas as pd

# 記号の意味は表ごとに違う。ここでは「消さずに記録する」だけにして、扱いは呼び出し側で決める
SYMBOLS = {"-", "－", "…", "...", "x", "X", "***"}

def to_number(s: pd.Series, dash_as: str = "na"):
    """数値に直す。戻り値は（数値, 記号）"""
    raw = s.astype(str).str.strip().str.replace("　", "", regex=False)
    sym = raw.where(raw.isin(SYMBOLS))
    num = pd.to_numeric(raw.str.replace(",", "", regex=False), errors="coerce")
    if dash_as == "zero":
        num = num.mask(raw.isin(["-", "－"]), 0.0)
    return num, sym

def tidy(df: pd.DataFrame, id_cols: list[str], dash_as: str = "na") -> pd.DataFrame:
    """横持ちを縦持ちにする。value と symbol の2列を持たせる"""
    long = df.melt(id_vars=id_cols, var_name="item", value_name="raw")
    long["value"], long["symbol"] = to_number(long["raw"], dash_as)
    return long

"1,234" のようなカンマ入りの文字列は、カンマを外さないと NaN になります。PDF の表を機械で読んだときも、カンマや小数点の扱いを間違えると「4,479」が「4」と「479」に分かれるなど、静かに値が壊れました（エラーは出ません）。

4. 記号の意味を、合計で確かめる

「-」が 0 なのか、欠測なのか、秘匿なのかは、表によって違います。私が見た5つの表では、次のようになっていました。

表	「-」の意味（確かめた方法）
感染症の定点報告	0（「-」を0とみなすと、都道府県の合計＝全国が全週で一致）
国勢調査の基本集計	0（恒等式と「男＋女＝総数」が全行で一致）
社会・人口統計体系（市区町村）	0ではない（同じ列に数字の0と「-」が両方ある。区域がない年・調査の対象外などが混ざる）
家計調査の増減率	「計算できない」（比べる前の年がない期間に集まる）

表の注記を読むのが基本ですが、内訳の合計＝総数で確かめると確実です。そのための関数です。

def check_sum(long, key, total_label, parts, col="item", tol=0.5):
    """内訳の合計＝総数 を確かめる。内訳に欠けがあれば「確認できない」"""
    w = long.pivot_table(index=key, columns=col, values="value", aggfunc="first", dropna=False)
    diff = w[parts].sum(axis=1, min_count=len(parts)) - w[total_label]
    w = w.assign(diff=diff)
    w["status"] = np.select([diff.isna(), diff.abs() <= tol], ["確認できない", "一致"], "不一致")
    return w

小さな例で動かすと、「-」の扱いで結果が変わるのが分かります。

df = pd.DataFrame({"地域": ["A市", "B町", "C村"],
                   "総数": ["1,234", "30", "…"], "男": ["600", "30", "…"], "女": ["634", "-", "…"]})
print(check_sum(tidy(df, ["地域"]), ["地域"], "総数", ["男", "女"]))
print(check_sum(tidy(df, ["地域"], dash_as="zero"), ["地域"], "総数", ["男", "女"]))

item      女      男      総数  diff  status
地域
A市    634.0  600.0  1234.0   0.0      一致
B町      NaN   30.0    30.0   NaN  確認できない
C村      NaN    NaN     NaN   NaN  確認できない
item      女      男      総数  diff  status
地域
A市    634.0  600.0  1234.0   0.0      一致
B町      0.0   30.0    30.0   0.0      一致
C村      NaN    NaN     NaN   NaN  確認できない

「-」を0とみなすと B町の合計が合うので、この表の「-」は0と読むのが妥当、と判断できます。C村の「…」はどちらでも確認できないので、欠測として扱います。

5. 単位と桁ずれ

単位：表の見出しに【千円】【千人】と書かれていることがよくあります。課税対象所得【千円】を「円」と読み違えると、1人あたり所得の中央値は約282万円ではなく約2,800円になります。計算したあとに「ありうる範囲に入っているか」を必ず見ます。

桁ずれ：前の時点からの比が極端なセルを探します。

def check_jump(long, key, order, ratio=3.0):
    """前の時点から ratio 倍以上・1/ratio 以下に動いたセル（桁ずれの候補）"""
    d = long.sort_values(key + [order]).copy()
    d["prev"] = d.groupby(key)["value"].shift()
    r = d["value"] / d["prev"]
    return d[(r >= ratio) | (r <= 1 / ratio)]

引っかかったセルが、すべて入力の誤りとは限りません。市町村の総人口で3倍以上の変化を探したときは、見つかったのはすべて原発事故の避難指示区域で、実際の変化でした。検出は機械に任せ、判断は中身を見て人がする、という分担にしています。

まとめ

Excel は statInfId で取り直せる形にしておく。API があれば API が楽
数値に直すときは、記号を捨てずに別の列に残す
記号の意味は表ごとに違う。注記を読み、合計で確かめる
単位と桁ずれは、計算したあとに「ありうる範囲か」で点検する

ここに載せた関数は、どの表にも使えるように小さくしてあります。実際の分析では、表ごとに SYMBOLS の扱いと点検の閾値を決めて、README に書いています。