コマンド説明および名前の由来
コマンドは個人的に馴染みのあるもの・気になったものを入れているので、随時追加できればと思います。
名前の由来については、由来というよりは「何の略か」が中心です。
コマンド説明はざっくりです。 
| コマンド名 | 説明 | 名前の由来 |
| alias | コマンドの別名を登録 | alias（別名の意） |
| apt-get | Debian系ディストリビューションでのパッケージの操作・管理 | APT（Advanced Package Tool） |
| arch | システムのアーキテクチャを表示 | architecture |
| bash | 標準入力やファイルから読み込んだコマンドを実行する、 sh 互換のコマンド言語インタプリタ | Bourne Again Shell |
| bg | ジョブをバックグラウンドで実行するように切り替える | background |
| cal | カレンダーの表示 | calendar |
| cat | ファイル内容表示 | concatenate |
| cd | カレント・ディレクトリの移動 | change directory |
| chgrp | ファイル・ディレクトリの所有グループを変更 | change group |
| chkconfig | サービスの一覧表示、登録、削除、ランレベルの設定 | configuration state checker |
| chmod | ファイル・ディレクトリのパーミッションを変更 | change mode |
| chown | ファイル・ディレクトリの所有者を変更 | change owner |
| clear | 画面をクリアする | clear |
| compress | ファイルを圧縮・展開 | compress（圧縮するの意） |
| cp | ファイルのコピー | copy |
| date | 日時の表示 | date |
| df | ディスク容量の表示 | disk free |
| diff | 二つのファイルの差分を出力 | difference |
| du | 特定のディレクトリのサイズを表示 | disk usage |
| exit | ログアウトする。プロセスを終了する | exit（退出の意） |
| fg | ジョブをフォアグラウンドで実行するように切り替える | foreground |
| find | ファイル・ディレクトリの検索 | find |
| free | メモリの使用状況を表示 | |
| grep | 文字列を検索する | global regular expression print ファイル全体から (global) 正規表現に (regular expression) 一致する行を表示 (print) |
| gzip | ファイルの圧縮・展開（.gz拡張子） | .gz, .gzip拡張子 (GNU zip) |
| head | ファイルの先頭部分を表示 | head（上部、冒頭の意） |
| history | コマンドの実行履歴を表示 | history |
| hostname | ホスト名を表示、設定 | host name |
| ifconfig | ネットワーク・インタフェースの参照・設定・起動・停止 | interface configuration |
| kill | プロセス・ジョブの強制終了 | kill process |
| ln | ファイルやディレクトリにリンクを張る | link |
| login | ログインする | login |
| ls | ファイル一覧の表示 | list |
| man | オンライン・マニュアル・ページの表示 | manual |
| mkdir | 新規ディレクトリの作成 | make directory |
| mv | ファイル・ディレクトリの移動、リネーム | move |
| netstat | ネットワーク関連の統計情報を表示 | network statistics |
| nohup | ログアウトした後もコマンドを実行し続ける | no hangup |
| ping | ネットワーク上のホストとの接続を確認 | packet internet groper |
| ps | 実行中のプロセスを表示 | process status |
| passwd | ユーザのパスワードを変更 | password |
| pwd | カレント・ディレクトリの絶対パスの表示 | print working directory |
| rm | ファイル・ディレクトリの削除 | remove |
| rmdir | 空のディレクトリの削除 | remove directory |
| sed | 文字列置換・行の削除 | stream editor |
| sleep | 指定された時間、停止する | |
| sh | デフォルトのシェルを起動 | shell |
| stat | ファイルもしくはファイル・システムのステータスを表示 | status |
| su | ユーザーを切り替える | substitute user |
| sudo | 指定したユーザーでコマンドを実行 | substitute user do |
| tail | ファイルの末尾を表示 | tail（末尾の意） |
| tar | ファイルの圧縮・展開（.tar拡張子） | .tar拡張子 (Tape Archival and Retrieval format) |
| top | プロセスをリアルタイムで確認 | |
| touch | ファイルのタイムスタンプの更新／ファイルの作成 | |
| uname | システム情報の表示 | Unix Name |
| vi | ファイルの編集 | visual |
| vmstat | メモリーやCPUの負荷率や使用状況を表示 | virtual memory statistics |
| wc | ファイルの行数・単語数・バイト数を表示 | word count |
| wget | webサーバからコンテンツをダウンロードする | world wide web get (wwwからget) |
| whereis | コマンドの場所とマニュアルページの場所を表示 | where is |
| who | 現在ログインしているユーザを表示 | who (Print who is currently logged in) |
| whoami | 現在のユーザ名を表示 | who am I |
| yum | Yellow Dog Linuxのディストリビューション（CentOSやFedora）でのパッケージの操作・管理 | Yellowdog Updater Modified |
参考
http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20060224/230577/?ST=oss#6
http://ss64.com/bash/
http://www.k4.dion.ne.jp/~mms/unix/linux_com/index.html
http://wadap.hatenablog.com/entry/2014/01/13/133034
http://yum.baseurl.org/
http://webkaru.net/linux/yum-command/
http://webkaru.net/linux/apt-get-command/
http://x68000.q-e-d.net/~68user/unix/unix-term-dic.html