WSUS管理コンソールから任意のタイミングで手動実行できることですが、
Powershellコマンドレットとタスクスケジュールを利用し定期的に掃除してもらうことができます。

WSUS管理コンソールから

PowerShellから

WSUS_Cleanup.ps1

Powershell -Command "Invoke-WsusServerCleanup 
-CompressUpdates 
-CleanupObsoleteUpdates 
-CleanupObsoleteComputers 
-CleanupUnneededContentFiles 
-DeclineExpiredUpdates 
-DeclineSupersededUpdates" > C:\WSUS_Cleanup.log

WSUS_Cleanup_イベントログへ出力.ps1

$message = "WSUSクリーンアップ処理を開始します。"

Write-EventLog -LogName System -Source "WSUS Cleanup Task" -EventID 65000 -EntryType INFORMATION -Message $message

try{
	$result = (Invoke-WsusServerCleanup -CompressUpdates -CleanupObsoleteUpdates -CleanupObsoleteComputers -CleanupUnneededContentFiles -DeclineExpiredUpdates -DeclineSupersededUpdates)
	if($result -ne $null){
		$message = "WSUSクリーンアップ処理が正常終了しました。`r`n`r`n"+$result
		Write-EventLog -LogName System -Source "WSUS Cleanup Task" -EventID 65001 -EntryType INFORMATION -Message $message
	}else{
		$message = "WSUSクリーンアップ処理が正常終了しましたが結果が空です。"
		Write-EventLog -LogName System -Source "WSUS Cleanup Task" -EventID 65002 -EntryType WARNING -Message $message
	}
}
catch{
	$message = $error[0].Exception.Message
	$message = "WSUSクリーンアップ処理がエラー終了しました。`r`n`r`n"+$message
	Write-EventLog -LogName System -Source "WSUS Cleanup Task" -EventID 65003 -EntryType ERROR -Message $message
}

解説

■不要な更新プログラムおよび更新のリビジョン
-CompressUpdate
-CleanupObsoleteUpdates

■サーバーにアクセスしていないコンピューター
-CleanupObsoleteComputers

■不要な更新ファイル
-CleanupUnneededContentFiles

■期限の切れた更新プログラム
-DeclineExpiredUpdates

■置き換えられた更新
-DeclineSupersededUpdates