参考
下記を参考に実行しました。
Ubuntuのインストール
ここでCUDA-toolkitのインストールも完了しています。
cmakeのインストール
sudo apt install cmake
gccはいつの間にか9.3が入っていました
OpenMPIインストール
sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev
GROMACSのインストール
thread-MPI版
まずはMPI無しでインストールする。
wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2021.2.tar.gz
tar zxvf gromacs-2021.2.tar.gz
cd gromacs-2021.2
mkdir build
cd build
cmake .. -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs/2021.2_GPU \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON
make -j 4
make check
sudo make install
GROMACS2021から-DGMX_GPUはOFF, CUDA, OpenCL, SYCLの選択になったようなので注意
普段の計算には、これでできたgmxを使う。
例えば、gmx mdrunなど
MPI版のインストール
-DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ONにすることで、mdrunのみをインストールする
mkdir build_mpi
cd build_mpi
cmake .. -DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
-DGMX_GPU=CUDA -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs/2021.2_GPU \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON
make -j 4
make check
sudo make install
make installで/usr/local/gromacs/2020.6_GPU/bin下にmdrun_mpiが生成されるので、MPI並列計算を行うときに使う
最後に.bashrcに以下を追記する。
source /usr/local/gromacs/2020.6_GPU/bin/GMXRC
これにより、起動時にgmxコマンドやmdrun_mpiコマンドが使えるようになる。