1. 「Atom」のインストール

2. 「Remote-FTP」のインストール

メニューバーから Atom > Preferences > Install の順に進み、Search packages （検索窓）から「remote-ftp」を検索します。

インストール完了後はAtomを再起動します。
ちなみに、起動の度にWelcome画面が出てくるので、「Show Welcome Guide when opening Atom」のチェックを外しておくとよいかもです。

3. Projectフォルダの追加

メニューバーから File > Add Project Folder の順に進み、Projectフォルダを選択します。
個人的にProjectフォルダはFTPのホスト名にしてプロジェクトを管理しています。

4. 設定ファイルの作成

続けて接続に必要な設定ファイルを作成します。メニューバーから Packages > Remote FTP の順に進み、「Create FTP config file」または「Create SFTP config file」を選択します。

※ FTPは暗号化されていないため、運用には注意しましょう。

5.「.ftpconfig」の更新

FTP設定

{
    "protocol": "ftp",
    "host": "example.com",
    "port": 21,
    "user": "user",
    "pass": "pass",
    "promptForPass": false,
    "remote": "/",
    "local": "",
    "secure": false,
    "secureOptions": null,
    "connTimeout": 10000,
    "pasvTimeout": 10000,
    "keepalive": 10000,
    "watch": [],
    "watchTimeout": 500
}

SFTP接続の場合

{
    "protocol": "sftp",
    "host": "example.com",
    "port": 22,
    "user": "user",
    "pass": "pass",
    "promptForPass": false,
    "remote": "/",
    "local": "",
    "agent": "",
    "privatekey": "",
    "passphrase": "",
    "hosthash": "",
    "ignorehost": true,
    "connTimeout": 10000,
    "keepalive": 10000,
    "keyboardInteractive": false,
    "keyboardInteractiveForPass": false,
    "remoteCommand": "",
    "remoteShell": "",
    "watch": [],
    "watchTimeout": 500
}

6. サーバーに接続

メニューバーから Packages > Remote FTP > Connect の順に進みます。

画面右上に「Connected」の表示が出れば接続OKです。接続できない場合は「.ftpconfig」を見直します。

7. ダウンロード

ダウンロードする場合は、Packages > Remote FTP > Toggleの順で表示します。
Toggleを選択すると画像の赤枠に「Project（ローカル）」と「Remore（サーバー）」のタブが出現するので、「Remore」タブに切り替えてサーバーのディレクトリにアクセスします。
右クリックで対象ファイルをダウンロードすると、FTPのユーザーディレクトリ構成でダウンロードされます。

8. アップロード

「Project」タブに切り替え、任意のファイルを更新して保存すると自動でアップロードされます。
または、右クリックで「Upload」を選択してもOKです。

9. 自動でアップロードしたくないとき

メニューバーの Atom > Preferences > Packages の順に進み、「remote-ftp」のSettings（歯車）をクリックします。
「Auto Upload On Save」がデフォルトで「always」になっているため、「never」に変更します。