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Google Colaboのセットアップとデータ読み書き

Last updated at Posted at 2021-11-28

ハイライト

google driveのマウント

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')
!ls drive/MyDrive/

google drive上のデータ読み込み

import pandas as pd
df = pd.read_csv('drive/MyDrive/ML/Pytorch-sample-luna/luna_sample_candidates.csv')

google drive上のpythonモジュールの読み込み

ROOT_PATH = 'drive/MyDrive/ML/pytorch-sample-luna/'
sys.path.append(ROOT_PATH)

import dsets

外部データを直接Driveにダウンロードする

!wget -P 'drive/MyDrive/ML/pytorch-sample-luna/' 'https://zenodo.org/record/3723295/files/annotations.csv?download=1'

セットアップ

Google Colaboratory Appの追加

左上の「新規」> 「その他」> 「アプリを追加」でアプリを追加。(添付写真ではすでに追加してある)

Screen Shot 2021-11-27 at 22.44.07.png

Screen Shot 2021-11-27 at 22.45.45.png

IO周り

Google DriveとColabを連携させる

mountさせる

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')

Screen Shot 2021-11-27 at 22.50.30.png

認証・認可を求められるので指示に従って入力
Screen Shot 2021-11-27 at 22.50.52.png
Screen Shot 2021-11-27 at 22.51.32.png
(以下省略)

成功するとMountedと表示される
Screen Shot 2021-11-27 at 22.52.40.png

試しにlsコマンドを実行するとdriveが表示されている
Screen Shot 2021-11-27 at 22.53.16.png

Google Drive上のCSVファイルの読み込み

適当なCSVファイルを、Colaboと同じフォルダに入れる
Screen Shot 2021-11-27 at 22.58.06.png

Colab側からCSVが見えるか確認

!ls drive/MyDrive/ML/pytorch-sample-luna

Screen Shot 2021-11-28 at 11.57.59.png

Pandasでパスを指定してインポート(パスは適宜変える)

import pandas as pd
df = pd.read_csv('drive/MyDrive/ML/Pytorch-sample-luna/luna_sample_candidates.csv')

df

Screen Shot 2021-11-27 at 23.04.56.png

Google Drive上にCSVファイルを保存

試しにデータ部分の1行目を削除したファイルを保存

df[1:].to_csv('drive/MyDrive/ML/Pytorch-sample-luna/luna_sample_candidates_2.csv')

Screen Shot 2021-11-27 at 23.05.01.png

無事にファイルが追加されていることを確認
Screen Shot 2021-11-27 at 23.05.16.png

Pythonモジュールの読み込み

適当なモジュールを用意(画面中のdsets.py)
Screen Shot 2021-11-27 at 23.23.53.png

importしてみるとモジュールを発見できずエラー

import dsets

Screen Shot 2021-11-27 at 23.23.44.png

原因はdrive/がsys.path上に無いので、発見できないこと

Screen Shot 2021-11-27 at 23.23.28.png

pathを追加

ROOT_PATH = 'drive/MyDrive/ML/pytorch-sample-luna/'
sys.path.append(ROOT_PATH)

Screen Shot 2021-11-27 at 23.25.23.png

ロードできる(エラーはdsets.pyの中身についての指摘なのでファイルは読み込めている)

import dsets

Screen Shot 2021-11-27 at 23.26.09.png

外部データを直接Driveにダウンロードする

!wget -P 'drive/MyDrive/ML/pytorch-sample-luna/' 'https://zenodo.org/record/3723295/files/annotations.csv?download=1'

Screen Shot 2021-11-28 at 15.31.33.png

その他

必要に応じてドライブストレージを増やしましょう(個人アカウントはGoogle Oneかも)
https://drive.google.com/settings/storage

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