サイトをいくつか探して実行してみましたが、次の２つのサイトではうまく実行できました。

AlphaFold2のGoogle Colab版サイトを開きます（上記の１番目）

サンプルのアミノ酸配列が表示されているので、お試しでよければそのまま実行することもできます。

1.実行する前に ランタイムよりランタイムのタイプを変更を選択

データはダウンロードフォルダにjobname-****.result.zipで保存されます。

実行内容詳細

※アミノ酸配列はPDBのサイトより入手できます
PDBサイトにアクセスし、PDB ArchiveにPBD IDかタンパク質名を入れて検索します

アミノ酸配列が表示されるので、コピーします。
　※1行目は説明文になってますので、2行目以降をコピー

model＿type：auto・・・-ptm "を用いたタンパク質構造予測　
　　　　　　：AlphaFold-multimer-v2・・・phaFold-multimer-v2" を用いたタンパク質構造予測
num_recycles: 　
save_to_google_drive:結果のzipファイルがgoogle driveにアップロード　
dpi：画像の解像度

今回参考にさせていただいたサイトは
http://cedro3.com/ai/alphafold2/
https://togotv.dbcls.jp/en/20220517.html