AlphaFold2 Google Colab版

サイトをいくつか探して実行してみましたが、次の２つのサイトではうまく実行できました。

１https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb
２https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/beta/AlphaFold2_advanced.ipynb

実際に使ってみる

AlphaFold2のGoogle Colab版サイトを開きます（上記の１番目）

サンプルのアミノ酸配列が表示されているので、お試しでよければそのまま実行することもできます。

1.実行する前に ランタイムよりランタイムのタイプを変更を選択

1. GPUを選択し保存
   

2. ランタイムよりすべてのセルを実行を選択
   
   上から順番に実行されていきます。（15分くらいかかります）

3. 終了すると表示されます
   

4. 3D構造はマウスでぐるぐる回転させることができます
   

データはダウンロードフォルダにjobname-****.result.zipで保存されます。

実行内容詳細

Input protein sequence

• query_sequence：アミノ酸配列を入力（タンパク質内の鎖切断は/　タンパク質間の鎖切断は:を指定） 　 　
• jobname： 好きな名前を入力　 　
• use_amber： 　 　
• template_mode：none　テンプレート情報を使用しない
  　　　　　　　：custom　独自のテンプレートを使用

※アミノ酸配列はPDBのサイトより入手できます
PDBサイトにアクセスし、PDB ArchiveにPBD IDかタンパク質名を入れて検索します

Display FilesよりFASTA Sequenceを選択　

アミノ酸配列が表示されるので、コピーします。
　※1行目は説明文になってますので、2行目以降をコピー

MSAのオプション指定

• Msa_mode：mmseqs2 　
• Pair_mode：unpaired＋paired・・・同一種からのペア配列 　
  　　　　　：paired・・・ペア配列のみを使用

Advanced Settings

• model＿type：auto・・・-ptm "を用いたタンパク質構造予測 　
  　　　　　　 ：AlphaFold-multimer-v2・・・phaFold-multimer-v2" を用いたタンパク質構造予測
• num_recycles: 　
• save_to_google_drive:結果のzipファイルがgoogle driveにアップロード 　
• dpi：画像の解像度

今回参考にさせていただいたサイトは
http://cedro3.com/ai/alphafold2/
https://togotv.dbcls.jp/en/20220517.html