メモ書き。

example.com/css
example.com/scss
example.com/下層/css
example.com/下層/scss

があるとする。同一案件なので一括でコンパイルさせたいんだよー。

example.com/Gruntfile.js
example.com/config.rb
example.com/下層/config.rb
を用意。

上層下層の文字は適当に入れ替えてください。

Gruntfile.js


module.exports = function(grunt) {
	grunt.initConfig({
		compass: {
			上層: {
				options: {
					config: 'config.rb'
				}
			},
			下層: {
				options: {
					config: '下層/config.rb'
				}
			}
		}
	});
//～～～～
};

compass

上層config.rb


http_path = "/"
css_dir = "css"
sass_dir = "scss"
images_dir = "images"
javascripts_dir = "js"

output_style = :compact

line_comments = false

下層config.rb


http_path = "/"
css_dir = "下層/css"
sass_dir = "下層/scss"
images_dir = "下層/images"
javascripts_dir = "下層/js"

output_style = :compact

line_comments = false

あんまり考えずに作ったので、超適当。
config.rbも下層のconfig.rbから上層のを上手くインポートさせれば一元管理できるかもね。