普段は作業ディレクトリに移動して実行することが多いコマンドについて、作業ディレクトリを指定するオプションをまとめました。（ツールに偏りがありますが・・・）
artisan (Laravel)
実行したいプロジェクトの artisan ファイルを絶対パスで指定する。
php /path/to/project/artisan migrate
Composer
--working-dir オプションまたは -d オプション
composer install --working-dir=/path/to/project
composer install -d /path/to/project
Global Options - Command-line interface / Commands - Composer
Git
-C オプション
git -C /path/to/project pull
npm
--prefix オプション
npm install --prefix /path/to/project
Yarn
--cwd オプション
yarn --cwd /path/to/project install
Specify working directory with yarn --cwd - CLI Introduction | Yarn