Hi-Cデータから動的ゲノム状態を理解するための「PHi-C」を実行するための計算環境構築を説明します。
すでにPython環境を利用している人はPHi-C仮想環境を構築から始めてください。
AnacondaによるPython環境の導入は規約上有償の場合もあるので、ここではMinicondaでの構築を説明します。
MinicondaでPython環境を導入
Minicondaのダウンロード
以下のMiniconda公式サイトから、使用OSに対応したインストーラーをクリックして、ローカルPCの適当なフォルダに保存する。
https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
Minicondaのインストール
ダウンロードしたフォルダ上で端末を開いてインストーラーを実行する。
(Linuxの場合) bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
と表示されるのENTERキーを押しましょう。さらに規約を読み進めるためENTERキーを押し続けましょう。
Do you accept the license terms? [yes|no]
と問われるので
yes
と入力する。
Miniconda3 will now be installed into this location:
/home/USER/miniconda3
- Press ENTER to confirm the location
- Press CTRL-C to abort the installation
- Or specify a different location below
とインストール先を問われるので、特に気にしなければENTERキーを押す。
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
と問われるので
yes
と入力することで、~/.bashrcにPATHが設定される。
改めて端末を開いて
python
と入力して
Python 3.9.7 (default, Sep 16 2021, 13:09:58)
[GCC 7.5.0] :: Anaconda, Inc. on linux
が表示されていればインストール成功です。
一旦、端末を閉じましょう。
PHi-C仮想環境を構築
PHi-Cのアルゴリズムは主にnumpyによる行列演算で動作しています。その高速化のため、Intel® Distribution for Python*に基づいた仮想環境を構築しましょう。
MacのM1チップの場合はIntel Math Kernel Libraryが非対応とのことなので、通常の仮想環境を作成してください。
まずは端末を開き、condaの更新のため
conda update conda
を実行します。
Proceed ([y]/n)?
と問われたら
y
を入力して更新しましょう。
intelの公式チャネルに基づいてphic仮想環境を構築します：
conda create -n phic intelpython3_core python=3.9 -c intel
と入力して
Proceed ([y]/n)?
と問われたら
y
を入力する。多少時間がかかるかもしれません。
conda info -e
でphicという仮想環境ができているか確認できます。
次に
conda activate phic
を入力してphic仮想環境に入る。
その後
pip install phic
と入力し、Hi-Cデータ解析のためのPHi-C2をインストールする。
以上で計算環境構築は終了です。
※Straw for Pythonをpip install hic-strawで追加インストールする際にgcc関連のエラーが出る場合があります。エラーの原因はcurl.hなので、Ubuntuの場合はsudo apt install libcurl4-openssl-devでライブラリを事前にインストールしておくとうまくいくはずです。
PHi-C仮想環境のメンテナンス
conda activate phic
で仮想環境に入る。
他のチャネルとの依存関係を避けるため、intelチャネルを指定してアップデートする：
(Intel CPUの場合) conda update --all -c intel
(Mac M1 CPUの場合) conda update --all
pipでインストールした二つは
pip install -U phic
でアップデートする。