はじめに
論文を書いたり読んだりしていると、DOI と arXiv id のリストから PDF と BibTeX を一気に揃えたい場面が頻繁にあります。Zotero や Mendeley は GUI 中心で reproducible にしづらく、wget や手書きスクリプトは出版社ごとの認証や preprint との同期で破綻しがちです。
BiblioFetch.jl は Julia パッケージで、DOI / arXiv id のリスト → ローカル PDF ストア + TOML メタデータ + BibTeX 出力 + 引用グラフまでを 1 つのコマンドで回します。研究室のラップトップと SSH 越しの計算機を 同じストアに対して使えることを想定して設計しました。
$ bibliofetch fetch 10.1103/PhysRevB.99.214433
✓ 10.1103/physrevb.99.214433 [unpaywall] → ~/papers/10.1103_physrevb.99.214433.pdf
なぜ作ったか — 既存ツールとの差分
似たことをするツールはあります。BiblioFetch を書いた動機は、これらが 物理屋の workflow に決定的に欠けている要素 がそれぞれにあったからです：
| ツール | 言語 | 不足 |
|---|---|---|
| Zotero / Mendeley | GUI | reproducible でない、git で管理できない |
| paperscraper (Python) | Python | preprint と publisher PDF の区別ができない、TDM は Wiley のみ |
| pyalex / openalex CLI | Python | OA PDF 中心、出版社認証 (TDM) なし |
| paper-qa | Python | RAG 寄り、bulk DOI の確実な fetch ではない |
BiblioFetch.jl の差別化価値：
-
strict provenance — preprint と version of record を区別、
source_policy = :strictで出版社の正典のみ取る - APS / Elsevier / Springer の TDM — institutional access を Julia から直接使える
-
also_arxivcompanion — publisher PDF と arXiv preprint を組で保管 - vault / topic 管理 — 個人 PKM (Personal Knowledge Management) として育てられる
-
平文 TOML ストア —
git/rsync/grepが全部効く - SSH リバーストンネル mode — laptop ↔ 計算ホストで同じストアを共有できる
インストール
using Pkg
Pkg.add("BiblioFetch")
毎回 1 秒以下の起動が欲しい場合は sysimage をビルド：
using BiblioFetch, PackageCompiler
BiblioFetch.build() # 2–4 分
~/.local/bin/bibliofetch にラッパーが入るので PATH を通せば終わりです。
$ bibliofetch --help
Quick start
最小の job.toml：
[folder]
target = "papers"
[doi]
list = [
"arxiv:1008.3477", # Schollwöck の MPS/DMRG レビュー
"10.1103/PhysRevB.99.214433",
]
$ bibliofetch run job.toml
これだけで papers/ 配下に PDF、papers/.metadata/ に各論文の TOML メタデータ、papers/papers.bib に BibTeX が落ちます。
ストア構造 — TOML 平文の利点
papers/
├── arxiv__1008.3477.pdf
├── 10.1103_physrevb.99.214433.pdf
├── papers.bib
└── .metadata/
├── arxiv__1008.3477.toml
└── 10.1103_physrevb.99.214433.toml
メタデータ TOML は人間可読：
key = "10.1103/physrevb.99.214433"
title = "Density matrix renormalization group..."
journal = "Physical Review B"
year = 2019
authors = ["Sebastian Paeckel", "Thomas Köhler", ...]
status = "ok"
source = "unpaywall"
sha256 = "f3b1...."
fetched_at = "2026-05-04T08:23:11"
git diff でメタデータ更新が見える、grep で著者検索ができる、rsync で複数マシン間の同期が trivial。SQLite な仕組み (Zotero) には絶対に出来ない芸当です。
環境検出 — laptop と計算ホストを同じツールで
$ bibliofetch env
BiblioFetch runtime
hostname : my-laptop
profile : default
mode : direct
proxy : (none) [none]
reachable : true
store root : /home/souta/papers
email : souta@example.com
~/.config/bibliofetch/config.toml でプロファイルを定義しておくと、ホスト名で自動切り替え：
[defaults]
email = "souta@example.com"
store_root = "~/papers"
[profiles.panza]
proxy = "http://localhost:8080" # SSH リバーストンネル
store_root = "/scratch/souta/papers"
これで laptop でも ssh panza 先でも bibliofetch fetch ... が同じインタフェースで動きます。
ソースカスケード — 取り方の優先順
DOI を投げると以下の順で試行：
- Crossref で書誌メタデータ取得
- Unpaywall で OA PDF があれば取る
- arXiv に preprint があれば取る
- Semantic Scholar (opt-in) で abstract と OA PDF
- OpenAlex (opt-in、v1.1.0+) で広範な metadata + OA
- DOAJ (opt-in、v1.1.0+) で gold OA journal
- APS / Elsevier / Springer TDM (opt-in) で institutional 認証越し
-
direct で
doi.orgから取る（プロキシ経由）
各ステップは独立で、[fetch].sources で組み合わせを選べます。失敗した際の挙動も on_fail = :pending | :skip | :error で選べます。
続編
このパッケージの肝な機能はそれぞれ別記事で深堀りします：
- citation graph 展開 — 1 本のレビュー論文から関連文献を 1 hop 全部取ってくる
- strict mode + TDM — preprint と publisher PDF を厳格に区別する
- vault と job.toml — 文献コレクションを git 管理可能な平文で持つ
ソースは GitHub: sotashimozono/BiblioFetch.jl
ドキュメント: codes.sota-shimozono.com/BiblioFetch.jl/stable/
issue / PR 歓迎です。
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