BiblioFetch.jl の strict モード: APS / Elsevier / Springer から VoR を確実に取る

はじめに

論文を書いていて引用するとき、preprint と version of record (VoR) は別物です。preprint は revision で内容が変わっていることがあり、ページ番号も無く、査読を経ていません。査読論文の reference list に preprint URL を載せて返事に「これ最終版で書き直してください」と言われた人は少なくないはず。

BiblioFetch.jl は preprint と publisher のホストする version of record を厳密に区別する モードを持っています。source_policy = :strict を指定すると、出版社が hosting している PDF だけを採用し、arXiv / 諸 preprint server の copy は明示的に弾きます。

ソースカスケードのおさらい

BiblioFetch のソースは内部的に 2 つに分類されています：

const PUBLISHER_SOURCES = (:unpaywall, :aps, :elsevier, :springer, :doaj, :openalex, :direct)
const PREPRINT_SOURCES  = (:arxiv, :s2)

• PUBLISHER_SOURCES — version of record をホストしている可能性のあるルート
• PREPRINT_SOURCES — preprint / aggregated copies を返すルート

:unpaywall だけ特殊で、Unpaywall 自体が host_type = "publisher" か "repository" かを返してくるので、strict モードでは publisher-host のときだけ採用します。

strict vs lenient

fetch.source_policy = :strict の挙動：

[fetch]
source_policy = "strict"
sources = ["unpaywall", "aps", "elsevier", "springer", "direct"]

• 候補生成時に :arxiv / :s2 をそもそも呼ばない（候補に登らない）
• :unpaywall のレスポンスで host_type != "publisher" の URL は捨てる
• 「VoR が取れなかった」場合 fallback しない — status = "failed" になる

対して lenient (default) は preprint も publisher PDF も同列に試して、最初に取れたものを採用します。これは通常の研究 workflow には便利ですが、引用文献を厳密に揃えたいときには preprint が紛れ込みます。

TDM 認証 — APS / Elsevier / Springer

publisher の PDF を確実に取るには、出版社のテキスト・データ・マイニング (TDM) API キーが必要です。BiblioFetch は 3 大物理系出版社をサポート：

# 取得（すべて無料）：
export APS_API_KEY=…             # [e-mail] にメール 1 通
export ELSEVIER_API_KEY=…        # https://dev.elsevier.com/
export SPRINGER_API_KEY=…        # https://dev.springernature.com/

job.toml で opt-in：

[fetch]
source_policy = "strict"
sources = ["unpaywall", "aps", "elsevier", "springer", "direct"]

[doi]
list = [
    "10.1103/PhysRevB.99.214433",          # APS — Physical Review B
    "10.1016/j.aop.2010.09.012",           # Elsevier — Annals of Physics
    "10.1007/s11538-013-9822-9",           # Springer — Bulletin of Math. Biol.
]

各 source は対応する DOI prefix のときだけ呼ばれるので（is_aps_doi(doi) 等で gate）、Springer DOI に APS API key を burn するような誤動作はありません。

認証無しでも動く — graceful fallback

API key を設定していない出版社の source は 静かにスキップされます。例えば APS_API_KEY だけ設定していて Elsevier / Springer はキー無しの場合：

$ bibliofetch run job.toml
✓ 10.1103/physrevb.99.214433  [aps]        ← APS TDM 経由
✗ 10.1016/j.aop.2010.09.012   no candidate  ← Elsevier source skipped
✗ 10.1007/s11538-013-9822-9   no candidate  ← Springer source skipped

strict モード下では fallback しないので、status = "failed" で記録されます。bibliofetch sync で後から再 fetch 可能。

on_fail = :error と組み合わせる

論文投稿の最終 reference 整理など、「1 本でも取れなかったら止まってほしい」場面：

[fetch]
source_policy = "strict"
on_fail = "error"
sources = ["unpaywall", "aps", "elsevier", "springer", "direct"]

これで失敗があると non-zero exit code で abort します。CI に組み込んで「reference 全部取れる」ことを assertion 化できます。

also_arxiv との組み合わせ — VoR と preprint を両方持つ

source_policy = :strict で確実に publisher PDF を取りつつ、also_arxiv = true で arXiv preprint をコンパニオンとして併取できます：

[fetch]
source_policy = "strict"
also_arxiv = true
sources = ["unpaywall", "aps", "elsevier", "springer", "direct"]

ストアにはこうなります：

papers/
├── 10.1103_physrevb.99.214433.pdf            ← VoR (APS から)
├── 10.1103_physrevb.99.214433__preprint.pdf  ← arXiv preprint
└── .metadata/
    └── 10.1103_physrevb.99.214433.toml       ← preprint_pdf, preprint_sha256 も記録

論文 revision の差分を追ったり、preprint しかアクセスできない出先での参照に使えます。

まとめ

strict モードは「出典の provenance を厳格に保ちたい」researcher のためのモード。

• preprint と version of record を区別
• APS / Elsevier / Springer の institutional 認証を Julia から
• also_arxiv で preprint を companion として保存
• on_fail = :error で reference 完全性を CI で守る

論文を書く最終工程、reference list を生成する瞬間の signal が一段上がります。

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関連記事：

• BiblioFetch.jl の総合紹介（Quick start）
• BiblioFetch.jl で citation graph を辿る（関連 PDF も全部回収）
• BiblioFetch.jl の vault と job.toml（文献コレクションの git 管理）

GitHub: sotashimozono/BiblioFetch.jl

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