BiblioFetch.jl の vault と job.toml — 文献コレクションを git 管理可能な平文で持つ

Last updated at 2026-07-17Posted at 2026-05-07

はじめに

文献管理ツールの大半（Zotero / Mendeley / EndNote）は SQLite やプロプライエタリなバイナリ DB をストアに使います。便利な反面、

git diff で何が変わったか分からない
rsync で複数マシンに配るのが面倒
バックアップから 1 行だけ復元する、が出来ない
機械的に grep / sed / awk で処理できない

BiblioFetch.jl は真逆の設計で、全データが TOML 平文です。文献コレクションは 2 層構造：

job.toml — プロジェクト単位の参照リスト（論文 1 本書くごとに 1 ファイル）
vault — トピックごとに整理した正典コレクション（複数プロジェクトから参照される）

git にそのまま入れる前提で設計しています。

job.toml — プロジェクト単位の参照

論文 1 本、レビュー 1 本、研究室の輪読会、それぞれに 1 つ job.toml を持つ運用：

# papers-2026-quantum-walk/job.toml
[folder]
target = "."                            # この toml と同じ場所に PDF を置く
bibtex = "references.bib"               # bib 出力先

[fetch]
sources    = ["unpaywall", "arxiv", "s2", "direct"]
parallel   = 4
also_arxiv = true                       # publisher PDF + arXiv preprint を組で

[doi]
list = [
    "10.1103/PhysRevA.48.1687",         # Aharonov, Davidovich, Zagury 1993
    "arxiv:quant-ph/0010117",           # Watrous 2001
    "10.1103/PhysRevLett.91.130602",    # Knight et al. 2003
]

[doi.review]                             # ネスト可能、グループ化される
list = [
    "10.1080/00107151031000110776",     # Kempe 2003 review
]

走らせるだけ：

$ cd papers-2026-quantum-walk/
$ bibliofetch run job.toml
$ git add . && git commit -m "initial reference set"

ストアもメタデータも BibTeX も全部 commit 対象。誰がいつ何を追加したか git log で追える。

job.toml の主な項目

セクション	項目	用途
`[folder]`	`target`	PDF 置き場
`[folder]`	`bibtex`	BibTeX 出力先
`[fetch]`	`sources`	使うソース
`[fetch]`	`parallel`	並列度 (1-8 推奨)
`[fetch]`	`source_policy`	`lenient` / `strict`
`[fetch]`	`on_fail`	`pending` / `skip` / `error`
`[fetch]`	`also_arxiv`	preprint companion
`[graph]`	`follow_references`	citation graph 展開
`[graph]`	`max_depth`	何 hop 追うか
`[doi]`	`list`	DOI / arXiv id 配列
`[doi.<group>]`	`list`	グループ化

vault — 横断的なトピック管理

job.toml が「プロジェクト 1 件のコレクション」なら、vault は「分野 / トピックごとの正典コレクション」。位置はデフォルトで ~/.config/bibliofetch/vault/：

~/.config/bibliofetch/vault/
├── vault.toml                          # 共有設定
├── tensor-networks.toml                # トピック 1
├── quantum-info.toml                   # トピック 2
└── nonequilibrium.toml                 # トピック 3

各トピック TOML：

# ~/.config/bibliofetch/vault/tensor-networks.toml
[topic]
name  = "Tensor Networks"
tags  = ["mps", "dmrg", "peps"]
notes = "MPS/DMRG/PEPS の正典 references"

[doi]
list = [
    "arxiv:cond-mat/0407066",            # Vidal 2004
    "10.1103/RevModPhys.93.045003",     # Cirac et al. 2021
]

CLI で扱う：

$ bibliofetch vault ls                  # 全トピック一覧
$ bibliofetch vault add arxiv:1706.03762 --topic tensor-networks
$ bibliofetch vault fetch tensor-networks
$ bibliofetch vault search "renormalization"
$ bibliofetch vault bib tensor-networks --out tn.bib

job.toml から vault を継承

特定プロジェクトの job.toml で「このトピックの全文献を持って来て」と書ける：

# job.toml
[vault]
inherit = ["tensor-networks", "quantum-info"]

[doi]
list = [
    "arxiv:2024.12345",                  # この project 固有の追加
]

これで vault のトピック refs と project 固有 refs を合算した状態で fetch されます。トピックを更新すれば project 側の重複編集なしに反映。

出力フォーマット

BibTeX (FirstAuthorYear citekey + 自動 disambiguation)

$ bibliofetch bib papers/
wrote 23 entries → papers/papers.bib

@article{Schollwock2011,
  author  = {Ulrich Schollwöck},
  title   = {The density-matrix renormalization group...},
  journal = {Annals of Physics},
  year    = {2011},
  doi     = {10.1016/j.aop.2010.09.012},
  url     = {https://doi.org/10.1016/j.aop.2010.09.012},
}

CSL JSON (v1.1.0+) — Pandoc / Quarto / Hugo 直結

$ bibliofetch csl papers/ --out papers.json

Pandoc / Quarto / Hugo の bibliography: フィールドが直接受け付ける形式です。LaTeX 経由しない執筆 workflow に最適。

運用ツール — doctor, dedup, search, stats

平文ストアならではの内省ツールが揃っています：

# ストアの整合性チェック
$ bibliofetch doctor papers/
  pdf_missing  10.1234/x.y.z   metadata に登録あるが PDF 不在
  orphan_pdf   foo.pdf         PDF あるが metadata 無し
  sha_mismatch 10.4567/a.b.c   PDF の SHA256 が metadata と不一致

$ bibliofetch doctor papers/ --fix          # 自動修復可能なものを修正

# 重複検出 (DOI alias で同じ論文が二重登録された場合など)
$ bibliofetch dedup papers/

# 全文検索 (title / authors / abstract / journal を grep)
$ bibliofetch search papers/ "entanglement entropy"

# 統計
$ bibliofetch stats papers/
  total entries: 234
  status:        ok=220 / pending=10 / failed=4
  sources:       unpaywall=120 / arxiv=80 / aps=15 / direct=5
  total size:    1.4 GB

これらは平文 TOML を walk するだけなので、ストア構造を意識せずとも信頼できる internal state が保てます。

git 管理の運用例

papers-2026-quantum-walk/
├── job.toml                            ← reference 定義
├── README.md
├── references.bib                      ← bibliofetch run の出力
├── .gitignore                          ← *.pdf を除外（重い）
├── .metadata/                          ← TOML 全部、commit 対象
│   ├── 10.1103_physreva.48.1687.toml
│   └── ...
└── (PDF は .gitignore)

メタデータと job.toml だけ commit、PDF は重いので .gitignore。新しい環境でも bibliofetch sync 一発で PDF が再生成される（unpaywall / arxiv は idempotent）。

まとめ

job.toml は project 単位、vault は分野横断のトピック単位
すべて平文 TOML → git 管理 / rsync / grep / sed 全部効く
BibTeX と CSL JSON 両方出せる、Pandoc / Quarto / Hugo / LaTeX どれでも繋がる
doctor / dedup / search / stats で integrity と内省可能
inherit で vault → job.toml の参照継承

文献を「データベース」ではなく「ファイル」として扱う気持ち良さがあります。

BiblioFetch.jl の総合紹介（Quick start）
BiblioFetch.jl で citation graph を辿る（関連 PDF も全部回収）
BiblioFetch.jl の strict mode + TDM（preprint と publisher PDF の区別）

GitHub: sotashimozono/BiblioFetch.jl

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