RPiでの操作手順はwaveshareの下記サイトにまとまっています。
https://www.waveshare.com/wiki/2.13inch_e-Paper_HAT#Working_with_Raspberry_Pi

RPi Zeroで実際にinstallしましたが、下記のライブラリinstall手順を参考にました。
https://www.waveshare.com/wiki/Pioneer600#Libraries_Installation_for_RPi

上記の手順に従って、installするだけですが、RPi.GPIOとspidevのinstallは下記コマンドで対応しました。

$ pip install RPi.GPIO
$ pip install spidev

以上