opacityだけじゃなく、display:noneにもしたいのだ。
jQueryだとものすごく簡単にできるが、jQueryが使用できない場面とか、ふとjQueryじゃなくjsだけで書いてみようかな気持ちのときに。

まずはjQueryのfadeOut

これだけで、ふわっと消えるってほんと便利ですよね。

inedx.html

<p id="text">This is a pen.</p>

app.js

$('#text').click(function() {
  $('#text').fadeOut();
});

JavaScript + CSS3

ふわっとの部分をCSS３で実現。
クリック時にクラスをつけcssでopacityを、display:noneはjs側で。

inedx.html

<p id="text">This is a pen.</p>

style.css

.fadeout {
  animation : fadeOut 1s;
  animation-fill-mode: both;
}
@keyframes fadeOut {
  0% {
    opacity: 1;
  }
  100% {
    opacity: 0;
  }
}

app.js

var text = document.getElementById('text');
text.addEventListener('click', function(){
  text.classList.add('fadeout');
  setTimeout(function(){ 
    text.style.display = "none"; 
  }, 1000);
}, false);

サンプルはこちら（CodePen）
https://codepen.io/snjssk/pen/EgRGGp

javascript で fadeOut() したい

まずはjQueryのfadeOut

JavaScript + CSS3