2/23追記：
移行するにはworkspace以外全部うつすといいっぽい。
（部分バックアップしたらシステム設定が移らなかったりしました）
参考：http://snickerjp.blogspot.jp/2013/10/migrate-JenkinsCI.html
tarアーカイブしてS3転送のスクリプト書いてもよかったけど、
ThinBackupプラグインをつかったほうが楽な感じだったので。
ThinBackupプラグインの設定をする
Jenkinsの管理＞ThinBackup＞Settings
・Backup directory
/var/lib/jenkins/backup
※ディレクトリは読み書きできる場所に自分で作っておく
・Backup schedule for full backups
H 12 * * 1-5
・Max number of backup sets
2
・Files excluded from backup (regular expression)
(builds|disabled)/.*$
・Wait until Jenkins/Hudson is idle to perform a backup
初期値でチェック有
Force Jenkins to quiet mode after specified minutes 120
・とっておきたいBackup～にチェックを入れる
Backup next build number file
Backup plugins archives
Backup additional files
Files included in backup (regular expression)
^(\.ssh|config|id_rsa.*|authorized_keys|\.gitconfig)|^(secrets|[a-zA-Z.-_]*)
Move old backups to ZIP files
以上でSAVE。
動作確認
Backup Nowを押す
すると、
/var/lib/jenkins/backup/に日時フォルダができる。
目的の内容がバックアップされたか等を確認
（特に正規表現まわりのinclude/excludeな指定が間違ってないか）
ローカルバックアップだと心もとないのでS3に送るジョブを作る
・upload-jenkins-backup-to-S3
定期的に実行 H 14 * * *
Mask passwords (and enable global passwords)
AWS_ACCESS_KEY_IDとAWS_SECRET_ACCESS_KEYなどを変数化
シェルの実行
cd /var/lib/jenkins/backup
aws s3 sync ./ s3://${S3BUCKET}/${URI} --delete --acl private
ビルド実行して問題なくupされてたので完了。
参考：
http://sue445.hatenablog.com/entry/2013/12/08/005317
http://yoshio.velvet.jp/blog/archives/4149
https://wiki.jenkins-ci.org/display/JENKINS/thinBackup
http://qiita.com/tq_jappy/items/3654059d09a4896ae598
https://jenkins.io/blog/2010/02/10/keeping-your-configuration-and-data-in-subversion/