2/23追記：
　移行するにはworkspace以外全部うつすといいっぽい。
　（部分バックアップしたらシステム設定が移らなかったりしました）
　参考：http://snickerjp.blogspot.jp/2013/10/migrate-JenkinsCI.html

tarアーカイブしてS3転送のスクリプト書いてもよかったけど、
ThinBackupプラグインをつかったほうが楽な感じだったので。

Jenkinsの管理＞ThinBackup＞Settings

・Backup directory
/var/lib/jenkins/backup

※ディレクトリは読み書きできる場所に自分で作っておく

・Backup schedule for full backups
H 12 * * 1-5

・Max number of backup sets
2

・Files excluded from backup (regular expression)

(builds|disabled)/.*$

・Wait until Jenkins/Hudson is idle to perform a backup
初期値でチェック有
Force Jenkins to quiet mode after specified minutes 120

Move old backups to ZIP files

以上でSAVE。

Backup Nowを押す
すると、
/var/lib/jenkins/backup/に日時フォルダができる。
目的の内容がバックアップされたか等を確認
（特に正規表現まわりのinclude/excludeな指定が間違ってないか）

・upload-jenkins-backup-to-S3
　定期的に実行　H 14 * * *
　Mask passwords (and enable global passwords)
　　AWS_ACCESS_KEY_IDとAWS_SECRET_ACCESS_KEYなどを変数化

　シェルの実行

cd /var/lib/jenkins/backup
aws s3 sync ./ s3://${S3BUCKET}/${URI} --delete --acl private

ビルド実行して問題なくupされてたので完了。