更新情報(2022/7/25)
コメントで別の方法を教えて頂いたため、解決方法を1と2に分けました（2が追加した解決法）。
それぞれにメリットがあると思うのでお好きな方を選んでください。

環境

やりたかったこと

以下のような2階層のサブドメインに対応したSSL証明書を1枚で発行したかった。
- example.com
- api.example.com
- stage.example.com
- api.stage.example.com

上記を達成するために*.*.exmaple.comをACMに登録しようとしましたが、AWSさんに怒られます。

公式ドキュメントにもこのような要件への対応は不可能みたいなことが書かれていますね。

残念ですが、ACMでは「SSLに対してアスタリスクを２つ付けるのは不可能」のようです。
ただし、「１階層目のサブドメインを個別で指定してあげる方法」であれば解決できます。
そこで以下に２つの解決方法を掲載します。

元ドメインのexmaple.comとサブドメインのstage.example.comの２つの証明書を別個で取得する方法です。

上記写真のように、証明書ごとに元ドメインexmaple.comとワイルドカード*.example.comの２つを追加して上げてください。
これで最初に上げた４つのドメインに対応できるようになります！

ただし、この方法は以下のようにRoute 53ホストゾーンをそれぞれ用意してあげる必要があります。

仮にサブドメインのホストゾーンが存在しない状態でサブドメイン用の証明書をACMで登録しようとしても、ドメイン状態が一生検証保留中になって証明書が作れません。
そこで、Route 53でサブドメイン用のホストゾーンを作成して権限を委任します。

やり方は上記のクラスメソッドさんの記事がわかりやすくておすすめです。

これで問題なく最初の４つのドメインに対応できると思います。

元ドメインのホストゾーンにサブドメインのAレコードを作っていた場合は削除を忘れないようにしてください！

この方法のデメリットは、サブドメインが増えるごとにホストゾーンを追加する必要があるので、そのたびにコストがかかります(1ホストゾーン/0.5ドル)
そこで本来やりたかった１枚で済ませる方法を次に紹介します。

こちらはコメントで教えていただいた方法です。
必要とされるサブドメインをACM作成時にすべて登録する、これだけです。
今回網羅したいドメインであれば以下のようにドメイン名を登録します。

この方法ならホストゾーンは元ドメイン(example.com)の一つだけでOKです（サブドメイン含めた4つのCNAMEが１つのホストゾーンに集約されます）。

これなら費用も全くかからないですし何よりシンプルでわかりやすいですね。
デメリットは「後からACM証明書にドメインを追加できない」ので、サブドメインを追加したい場合はACM証明書を作り直す必要があることです。

「サブドメイン追加のたびに証明書を作り直したくない、サブドメインごとに証明書を管理したい場合」は解決法1を、
「コストを極限まで抑えたい、証明書を一つにまとめて管理を楽にしたい場合」は解決法2を選ぶといいと思います。