IGVでGC%グラフを見る

IGVでGC contentを見る方法を調べたが、調べたサイトでいくつか間違いがあったので、実際に動いたコードを以下にまとめておく。

$ samtools faidx ex.fasta

$ cut -f 1,2 ex.fasta.fai > ex.sizes

$ bedtools makewindows -g ex.sizes -w 1000 > ex_1000.bed

$ bedtools nuc -fi ex.fasta -bed ex_1000.bed > ex_num.txt

$ gawk -v w=1000 'BEGIN{FS="\t"; OFS="\t"} {if (FNR>1) {print $1,$2,$3,"GCpc_"w"bps",$5}}' ex_num.txt > ex_1000.igv

出力されたex_1000.igvファイルをIGVで開けば、GC contentを見ることができるはずである。