この記事は What happens to forks when a repository is deleted or changes visibility? - GitHub Help の日本語訳まとめです。
TL;DR
パブリックリポジトリ → fork 元が削除されても fork は消えない
プライベートリポジトリ → fork 元が削除されると fork はすべて消える
パブリックリポジトリについて
パブリックリポジトリが削除されたり、非公開にされた場合：
- fork は削除されない
- 既存の fork のうちどれか1つが新しい fork 元になり、残りのリポジトリからの Pull Request はこの選ばれたリポジトリに行くようになる
プライベートリポジトリについて
プライベートリポジトリが削除されたり、fork したユーザーが fork 元へのアクセス権限を失った場合：
- fork はすべて削除される
- ただしローカルクローンは保持される
逆にプライベートリポジトリが公開された場合：
- fork は自動的には公開されない
- fork はそれぞれ単独のリポジトリになる
cf. fork 権限について
https://help.github.com/en/articles/allowing-people-to-fork-a-private-repository-owned-by-your-organization
https://help.github.com/en/articles/allowing-people-to-fork-private-repositories-in-your-organization