前提

outputには、embulk/embulk-output-bigqueryを利用します。
- ここに書いてあることはだいたいREADMEに書いています。
取り込み先はパーティショニングテーブル(timePartitioning:DAY)
データ取り込みは日時で行い、日付パーティショニングするものとします。
embulk 0.9.17でテストした。

サンプル(.yml.liquid)

input部分については、本記事では触れません

in:
  type: gcs
  project: foobar_project
  bucket: foobar_bucket
  path_prefix: /path/to/{{ env.EXECUTE_DATE }}/{{ env.LOGNAME }}.csv.gz
  auth_method: compute_engine
  application_name: foobar_app
  decoders:
    - {type: gzip}
  parser:
    charset: UTF-8
    newline: CRLF
    type: csv
    delimiter: ','
    quote: '"'
    skip_header_lines: 1
    stop_on_invalid_record: true

out:
  type: bigquery
  project: foobar_project
  mode: delete_in_advance
  auth_method: compute_engine
  location: asia-northeast1
  auto_create_table: true
  time_partitioning:
    type: 'DAY'
    require_partition_filter: true
  dataset: foobar_dataset
  table: foobar_table${{ env.EXECUTE_DATE }}
  compression: GZIP
  source_format: CSV
  schema_update_options: ['ALLOW_FIELD_ADDITION']
  stop_on_invalid_record: true
  columns:
    - {name: c0, type: string}
    - {name: c1, type: long}
    - {name: c2, type: string}

Output部分の解説

mode
- （追記ではなく）冪等を実現するためには、modeは replace replace_backup delete_in_advance などがあります。テンポラリテーブルを利用している、 replace は早いのですが、勝手にカラム追加してほしいので、 delete_in_advance を使っています（後述）。
schema_update_options
- BigQueryのJobパラメータに schemaUpdateOptions というのがあり、side effectとして、カラムの追加をしてくれます（ ALLOW_FIELD_ADDITION は NULLABLEのカラムを追加します。ほか詳細は公式ドキュメントへ）
- schemaUpdateOptions は残念ながらCopy Jobでは使えないので、テンポラリテーブルをcopyする mode: replace では使えず、 mode: delete_in_advance にしています。
- このサンプルで、元ファイル(input)にカラムが増えた場合は、outputの columns: に、カラムを追記すれば、BigQuery側で別途スキーマ追加の作業なしに、Embulkでのデータ取り込み時にカラム追加してくれます。
stop_on_invalid_record
- invalidなレコード（typeが違うとか）の場合に、該当レコードをskipさせずに処理全体を止めるパラメータです（デフォルトはfalseでskipしてしまう）
- データの不整合の原因になるので、あえて明示的にtrueにしています。

こんな感じでやってます。