neovim の終了時の状態は viminfo ファイルの代わりに shada ファイル（main.shada）に記録される。
だから neovim に .vimrc を読ませたとき、vimrc 内で viminfo を読ませるような設定をしていると、E576: Error while reading ShaDa file: のようなエラーが発生する。

neovim 内で 'viminfo' や 'viminfofile' オプションは、'shada' 'shadafile' のエイリアスである。
だから例えば、'viminfo' オプションの、n フラグで viminfo ファイルの場所を指定しているのなら、nvim もそれを読みに行こうとしてエラーが出るから has('nvim') でガードしておくのがよい。

余談だが、neovim は Windows 環境では、設定ファイルやキャッシュファイル、データファイルはユーザホームフォルダ下の AppData/Local を使ってくる。
これをやめさせるには環境変数 XDG_CACHE_HOME XDG_CONFIG_HOME XDG_DATA_HOME をそれぞれ設定するとよい。

.bashrc

export XDG_CACHE_HOME=$HOME/.cache
export XDG_CONFIG_HOME=$HOME/.config
export XDG_DATA_HOME=$HOME/.local/share